Istoria publicațiilor

Vizualizări articol
Altmetric
Citații

Vizualizările articolelor sunt suma de descărcări a articolelor cu text integral din luna noiembrie 2008 (atât PDF, cât și HTML) în conformitate cu COUNTER, în toate instituțiile și persoanele. Aceste valori sunt actualizate în mod regulat pentru a reflecta utilizarea din ultimele zile.

Citațiile reprezintă numărul de alte articole care citează acest articol, calculat de Crossref și actualizat zilnic. Găsiți mai multe informații despre numărul de citări Crossref.

Scorul de atenție altmetric este o măsură cantitativă a atenției pe care un articol de cercetare a primit-o online. Dacă faceți clic pe pictograma gogoașă, veți încărca o pagină la altmetric.com cu detalii suplimentare despre scor și prezența pe rețelele sociale pentru articolul dat. Găsiți mai multe informații despre Scorul de atenție altmetric și despre cum este calculat scorul.

all-atom

Abstract

În ultimul deceniu, suita de modelare biomoleculară Rosetta a informat diverse întrebări biologice și provocări inginerești, de la interpretarea datelor structurale cu rezoluție scăzută până la proiectarea nanomaterialelor, a terapeuticii proteinelor și a vaccinurilor. Funcția energetică este esențială pentru succesul Rosetta: un model parametrizat din datele structurii cristalului cu molecule mici și raze X utilizate pentru a aproxima energia asociată cu fiecare conformație a biomoleculei. Această lucrare descrie modelele matematice și conceptele fizice care stau la baza celei mai recente funcții energetice Rosetta, denumită funcția energetică Rosetta 2015 (REF15). Aplicând aceste concepte, explicăm cum să folosiți energiile Rosetta pentru a identifica și analiza caracteristicile modelelor biomoleculare. În cele din urmă, discutăm cele mai recente progrese în funcția energetică, care își extind capacitățile de la proteinele solubile, pentru a include, de asemenea, proteine ​​de membrană, peptide care conțin aminoacizi necanonici, molecule mici, carbohidrați, acizi nucleici și alte macromolecule.

informatii justificative

Informațiile de sprijin sunt disponibile gratuit pe site-ul ACS Publications la DOI: 10.1021/acs.jctc.7b00125.

Descrierea modificărilor funcției energetice Rosetta începând cu anul 2000; date care descriu calibrarea energiilor Rosetta în kcal/mol; detalii suplimentare privind termenii energetici și detalii despre netezirea termenilor statistici; termeni energetici pentru d-aminoacizi, aminoacizi necanonici, carbohidrați și acizi nucleici; și metode care descriu exemple de calcule energetice (PDF)

Captură de protocol într-un notebook interactiv Python care demonstrează utilizarea funcției print_atom_pair_energy_table (ZIP)