editor

Gruparea genotipurilor de ovăz analizate după infecția cu F. graminearum utilizând o analiză ierarhică în cluster. Tipurile de markeri indică genotipurile ovăzului gol (○), decojit (●) și sălbatic (x).

Gruparea genotipurilor de ovăz analizate după infecția cu F. culmorum utilizând o analiză ierarhică în cluster. Tipurile de markeri indică genotipurile ovăzului gol (○), decojit (●) și sălbatic (x).

Analiza componentei principale (PCA) a parametrilor analizați în 22 de genotipuri de ovăz după infecția cu FG .

Analiza componentelor principale (PCA) a parametrilor analizați în 22 de genotipuri de ovăz după infecția cu FC .

Ciclul de viață imunologic al Mycobacterium tuberculosis și progresia bolii. Mtb este de obicei transmis prin aerosoli, iar răspunsul imun înnăscut acționează ca o primă barieră în spațiul alveolar. În stadiul incipient al infecției, Mtb poate fi rapid eradicat. Traficul de celule care prezintă antigen către ganglionii limfatici duce la diseminarea bolii, precum și la activarea răspunsului imun adaptiv. Limfocitele T reglează formarea granulomului în cadrul Mtb este conținut, iar individul dezvoltă infecție latentă cu TBC (LTBI). Când echilibrul imunologic dintre gazdă și agentul patogen este perturbat, TBC latentă evoluează spre boală activă. În acest stadiu, pacientul devine simptomatic și poate transmite infecția persoanelor sănătoase.

Conducta de vaccin împotriva tuberculozei cu populația țintă.

Sistem de administrare a adjuvantului de vaccin utilizat la candidații supuși studiilor clinice.

Relațiile filogenetice moleculare ale familiei Spirodela polyrhiza lipoxygenase (LOX) cu familiile genetice LOX din plante suplimentare. Istoricul evoluției a fost dedus folosind metoda maximă probabilitate bazată pe modelul bazat pe matrice JTT. Arborele consens bootstrap dedus din 1000 de replici este luat pentru a reprezenta istoria evoluției analizei fiscale. Analiza a implicat 63 de secvențe de aminoacizi din cinci plante diferite: rață (Sp), roșie (Sl), Arabidopsis (At), orez (Os) și plop (Pt). Toate pozițiile cu o acoperire a site-ului mai mică de 95% au fost eliminate. Analizele evolutive au fost efectuate în MEGA7. Valorile bootstrap ale nivelurilor de încredere sunt afișate ca procente la nodurile ramurilor. Familia de gene LOX a fiecărei specii este codificată prin culoare. LOX-urile din diferite specii se împart în două grupuri separate: 9-LOX și 13-LOX. Grupul 13-LOX a fost în continuare împărțit în tipul I și tipul II. Analiza filogenetică a atribuit șapte proteine ​​LOX de la Spirodela grupului 13-LOX și două proteine ​​LOX grupului 9-LOX.

Identificarea reziduurilor de histidină (H) conservate în motivul LOX semnat 38 aa în Spirodela. (A) motiv de 38 de reziduuri printre secvențele Spirodela LOX. Sigla secvenței a fost creată cu cele nouă secvențe de proteine ​​LOX indigene. Înălțimea medie a fiecărei stive indică conservarea secvenței în acea poziție, iar înălțimea fiecărei litere de reziduuri indică frecvența relativă de distribuție a reziduului de aminoacizi corespunzător în motivul lung de 38 de aminoacizi. (B) Alinierea secvenței a motivului lung cu 38 de reziduuri în proteinele Spirodela LOX. Reziduurile de histidină conservate sunt evidențiate ca H bold.

Relația genelor familiei Spirodela LOX și aranjamentele intron-exon. Istoricul evoluției a fost dedus folosind metoda de maximă probabilitate bazată pe modelul bazat pe matrice JTT. Procentul de arbori în care impozitul asociat s-a grupat împreună este afișat lângă ramuri. Arborele este tras la scară, cu lungimile ramurilor măsurate în numărul de substituții pe sit. Analiza a implicat nouă secvențe de aminoacizi. Toate pozițiile cu o acoperire a site-ului mai mică de 95% au fost eliminate. Analizele evolutive au fost efectuate în MEGA7 [51]. Sunt desemnate subfamiliile Spirodela LOX 9-LOX și 13-LOX, cu 13-LOX separate în continuare în tipul I (13-LOX- I) și tipul II (13-LOX- II). Organizarea genomică schematică pentru fiecare genă LOX a fost generată folosind Serverul de afișare a structurii genei (GSDS 2.0; http://gsds.cbi.pku.edu.cn/). Exonii (CDS) și intronii sunt reprezentați de casete albastre și, respectiv, de linii întrerupte. Mărimile exonilor și intronilor sunt proporționale cu lungimile secvenței lor.

Identități ale secvenței LOX Spirodela. (A) Matricea de identificare a secvenței ADN și (B) a identificării secvenței de proteine ​​au fost generate folosind targa EMBOSS (https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_stretcher/). Valorile cu caractere aldine sunt discutate în text.

Analiza comparativă qRT-PCR a genelor LOX în Spirodela ca răspuns la sare exogenă. Cinci frunze de S. polyrhiza 7498 au fost cultivate timp de 14 zile; apoi s-a adăugat o soluție de NaCl 200 mM; iar probele au fost recoltate la 0, 1, 3, 6 și 12 ore [36]. Datele privind expresia genei au fost analizate prin qRT-PCR. Experimentul a fost repetat de trei ori (n = 3) cu fiecare mărime a probei de aproximativ 100 fronde. Analiza varianței (ANOVA) cu testul de comparații multiple al lui Dunnett a fost efectuată pentru diferențe semnificative. Semnificația statistică dintre punctele de date a fost evaluată față de 0 h față de alte puncte de timp ale profilurilor de expresie folosind graficul (versiunea 8.0).

Reprezentări atomiste ale modelelor ZnTe cu 8 atomi, V 2+ 0,25Zn0,75Te, Cr 2+ 0,25Zn0,75Te, Mn 2+ 0,25Zn0,75Te și 64-atom Cr 2+ 0,03Zn0,97Te. Atomii sunt reprezentați prin sfere: Zn (gri, întunecat), Te (galben), V (gri, deschis), Cr (verde) și Mn (violet).

Panoul din stânga (din dreapta): izosuperfe slabe HOMO și LUMO ale celulelor ZnTe cu 8 atomi (V 2+ 0,25Zn0,75Te) dispuse prin energie și notate prin nuanța de violet. Atomii sunt reprezentați prin sfere: V (gri, deschis), Zn (gri, întunecat) și Te (galben).

Panoul din stânga (din dreapta): izosuperfe slabe HOMO și LUMO ale celulelor ZnTe cu 8 atomi (Cr 2+ 0.25Zn0.75Te) dispuse prin energie și notate cu nuanța de violet. Atomii sunt reprezentați prin sfere: Cr (verde), Zn (gri, întunecat) și Te (galben).

Panoul din stânga (din dreapta): izosuperfe slabe HOMO și LUMO ale celulelor ZnTe cu 8 atomi (Mn 2+ 0.25Zn0.75Te) dispuse prin energie și notate prin nuanța de violet. Atomii sunt reprezentați prin sfere: Mn (violet), Zn (gri, întunecat) și Te (galben).

Ilustrație schematică a populației normale (a) și inversarea populației (b). Săgețile în sus arată pomparea optică care face ca electronii (stelele solide) să crească de la un nivel inferior de energie 0 la unul mai înalt 3. Săgețile în jos indică că electronii emit fotoni atunci când se relaxează din stările excitate 3 sau 2 până la stările inferioare 1 sau 0.

Panoul din stânga (din dreapta): izosuperfe slabe HOMO și LUMO ale celulelor ZnTe cu 64 de atomi (Cr 2+ 0,03Zn0,97Te) dispuse prin energie și notate cu nuanța de violet. Atomii sunt reprezentați prin sfere: Cr (verde), Zn (gri, întunecat) și Te (galben).

Ilustrarea încărcării prin forfecare.

Forța de forfecare a articulației de lipit cu morfologie de fractură după un anumit timp de îmbătrânire. (a): 0 h, SAC387/Cu; (b): 720 h, SAC387/Cu; (c): 1440 h, SAC387/Cu; (d): 0 h, SAC387-0,05Nd/Cu; (e): 720 h, SAC387-0,05Nd/Cu; (f): 1440 h, SAC387-0.05Nd/Cu.

Microstructuri ale matricei de lipit așa sudate și îmbătrânite și ale îmbinărilor sale de lipit: (a, b) matricea de lipit SAC387 și SAC387-0.05Nd; (e, f) articulație de lipit SAC387/Cu și SAC387-0.05Nd/Cu sudate; (c, d) în vârstă (1440 h) SAC387 și SAC387-0.05Nd matrice de lipit; (g, h) în vârstă (1440 h) SAC387 și SAC387-0.05Nd matrice de lipit.

Evoluția microstructurii de lipire SAC387/articulație de lipit Cu după tratamentul de îmbătrânire: (a) 140 h; (b) 360 de ore; (c) 720 h; (d) 1440 h.

Evoluția microstructurii de lipire SAC387-0.05Nd/articulație de lipit Cu după tratament de îmbătrânire: (a) 140 h; (b) 360 de ore; (c) 720 h; (d) 1440 h.

Mecanismul atomilor de Nd care împiedică creșterea compușilor intermetalici (IMC): (a, b) IMcs în matricea de lipit; (c, d) IMC interfațiale; (e) efectul Nd în lipirea Sn-Zn-Nd [19]. (JI și JR reprezintă fluxul de reacție interfațial și respectiv fluxul de maturare a atomilor de Cu).

Mecanismul atomilor de Nd care împiedică creșterea compușilor intermetalici (IMC): (a, b) IMcs în matricea de lipit; (c, d) IMC interfațiale; (e) efectul Nd în lipirea Sn-Zn-Nd [19]. (JI și JR reprezintă fluxul de reacție interfațial și respectiv fluxul de maturare a atomilor de Cu).

Grosimea straturilor interfaciale IMC (IML) în vârstă de 150 ° C. (a): Grosimea stratului Cu6Sn5 + Cu3Sn; (b): Grosimea stratului de Cu3Sn; (c): Procesul de calcul al grosimii stratului IMC.

Diagrama schematică a dislocării ocolind particulele IMC Ag3Sn.

Morfologia IMC Ag3Sn pe suprafața IMC cu6Sn5 interfaciale.

Spectre 1 Η-RMN ale plantei-mamă cu concentrație ridicată în acid canabidiolic (CBDA) (sus) și in vitro cultivate în trei etape de creștere.

1 spectre Η-RMN ale plantei-mamă cu concentrație ridicată în plantele cultivate CBGA (sus) și in vitro în trei etape de creștere.

Conținutul de CBD + CBDA și CBG + CBGA (%) al plantelor-mamă cultivate în câmp și ale clonelor acestora în trei etape diferite de creștere a celor două soiuri mari de CBD și CBG Cannabis sativa.

Structura moleculară a organogelatorului de uree.

Punct de topire a ureei - tricianofuran hidrazonă (UTCFH) în DMSO (pH =

6.65) la creșterea concentrației de tricianofuran hidrazonă (TCFH).

Spectre normalizate de absorbție UV - Vis ale UTCFH (0,06% în greutate) în DMSO la valori diferite de temperatură; 44 ° C (galben la 442 nm), 51 ° C (portocaliu la 490 nm), 57 ° C (roșu la 505 nm) și 63 ° C (violet la 535 nm).

Ilustrarea procesului termochromic sol-gel al UTCFH (0,06% în greutate) în DMSO.

Modificări între lungimile de undă maxime de absorbție ale UTCFH (0,06% în greutate) la 442 și 535 nm la valorile de temperatură de 44 și respectiv 63 ° C; Valoarea pH-ului a fost ajustată la

Imagini SEM ale xerogelurilor UTCFH uscate obținute de la DMSO cu un conținut total de TCFH la 0,06% în greutate (a, b) și 0,2% în greutate (c, d).

Xerogel UTCFH uscat la aer (sus) precum și xerogel UTCFH depus pe o bandă de hârtie filtrantă (de jos) obținută de la DMSO cu un conținut total de TCFH la 0,06% în greutate, demonstrând o schimbare a culorii de la portocaliu la violet la expunerea la amoniac gazos.

Sinteza sondei spectroscopice tricianofuran hidrazonice substituite cu aliloxi.

Condensare Knoevenagel în două etape, cu o singură oală, pentru a genera heterociclu tricianofuran.

Mecanism de comutare moleculară condus de temperatură a sondei spectroscopice tricianofuran hidrazonă încorporată în organogel de uree.

Fotografie a instalației experimentale, care arată camera de vid și giroscopul MEMS cu o scurgere de aer.

Structură simplificată a arcului-masă.

Derivarea măsurată a prejudecății vs. schimbarea frecvenței.

Giroscop cu masă dublă modelat ca un sistem cu amortizor de arc.

Derivarea măsurată a prejudecății vs. amplitudinea unității.

Procesarea semnalului pentru compensarea prejudecății.

Efecte duale asupra prejudecății giroscopice.

Senzorul de rată MEMS pentru aplicații spațiale: (a) Arhitectură mecanică; (b) Fotografia senzorului MEMS.

Date pe orbită a giroscopului MEMS.

Secvențierea generației următoare: avantaje și capcane.

Fluxul de lucru de la selecția eșantionului la analiza secvențierii de nouă generație (NGS) și raportul genomic.

Comparație a proteazei SARS-CoV și SARS-CoV-2 3CL. (a) Se arată alinierea secvenței a proteazelor, numai acele reziduuri sunt reprezentate pentru SARS-CoV 3CLpro care sunt diferite în comparație cu SARS-CoV-2 3CLpro. Reziduurile active ale sitului sunt verzi și subliniate, reziduurile care diferă în cele două proteaze sunt roșii. (b) Structura schematică a SARS-CoV-2 3CLpro bazată pe structura sa cristalină cu raze X (6LU7.pdb). Reziduurile catalitice (His41 și Cys145) sunt evidențiate prin culoarea verde, reziduurile care sunt diferite în proteazele SARS-CoV și SARS-CoV-2 3CL sunt prezentate cu roșu. De asemenea, este evidențiat reziduul Ser46. Inhibitorul legat de site-ul activ este, de asemenea, prezentat de bastoane. (c) Compozițiile de subsite de legare a substratului sunt prezentate pe baza datelor din literatură [11, 12, 13, 16], nomenclatura subsite este prezentată în conformitate cu Schechter și Berger [15].

Comparația secvențelor site-ului de scindare SARS-CoV și SARS-CoV-2. Secvențele sunt prezentate pentru PLpro și 3CLpro pe baza datelor din literatură [15, 16]. Pozițiile de clivaj sunt prezentate prin asteriscuri, secvențele închise de linii au fost folosite pentru a pregăti sigle de secvență. Reziduurile substratului P4-P4 ’sunt numerotate în conformitate cu nomenclatura lui Schechter și Berger [15].

Site-uri de scindare SARS-CoV-2 3CLpro putative în unele proteine ​​țintă umane selectate. Pentru proteinele selectate, sunt afișați identificatorii PDB și UniProt, sunt, de asemenea, indicați scorurile și site-urile de clivaj prezise de serverul web NetCorona 1.0. Scorul prezis pentru IRAK1 a fost raportat anterior [26]. Structurile proteinelor sunt, de asemenea, prezentate (gri), locurile de clivaj prezise sunt evidențiate (albastru), săgețile arată reziduurile P1-Gln.

Purificarea SARS-CoV-2 3CLpro. Figura prezintă o imagine cu gel colorat Coomassie, după analiza SDS-PAGE a probelor: (1) Standard de greutate moleculară; (2) Lizat solubil; (3) cromatografie de afinitate Ni-NTA, prin flux; (4) cromatografie de afinitate Ni-NTA, fracție de eluat a His6-SARS-CoV-2 3CLpro; (5) cromatografie de afinitate cu schimb de ioni, eluat de SARS-CoV-2 3CLpro nemarcat. Săgeata punctată arată SARS-CoV-2 3CLpro, care are o greutate moleculară ușor mai mică decât enzima marcată cu His6.

Scindarea proteinelor recombinante prin SARS-CoV-2 3CLpro. După reacțiile de scindare prin SARS-CoV-2 PR, amestecurile de reacție au fost analizate prin SDS-PAGE. Proteinele neclivite și SARS-CoV-2 PR sunt prezentate prin linii continue și, respectiv, întrerupte, în timp ce asteriscurile indică produse de scindare. (a) Scindarea His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP. După renaturarea în gel, substratul pe toată lungimea și produsul de scindare SGFRKM-mEYFP au fost vizualizate cu iluminare UV, iar gelul a fost colorat și cu colorant Coomassie. (b) Reacția de scindare a BSA recombinantă. (c) Reacția de scindare a plasminogenului recombinant. (d) Scindarea reacției IRAQ1 recombinantă. (e) Reacția de scindare a PTK6 recombinant. (f) Reacția de scindare a CTBP1 recombinant. Imaginile cu gel sunt reprezentative ale ≥2 experimente paralele.

Efectul etichetei His6 N-terminale și PMSF asupra activității SARS-CoV-2 3CLpro. (a) În reacțiile de clivaj, am folosit His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP ca substrat al formelor de SARS-CoV-2 3CLpro marcate cu His6 și neetichetate. (b) S-a studiat efectul PMSF asupra clivajului His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP, folosind proteaza nemarcată. PMSF a fost dizolvat în etanol și a fost aplicat în intervalul de concentrație 0,005-0,00005% (m/v). Substratul neclivit este prezentat în figura partea (a). Imaginile cu gel sunt reprezentative ale ≥2 experimente paralele.

Analiza suprafețelor accesibile la suprafață. Valorile relative ale suprafeței accesibile la suprafață (SASA) (%) determinate pentru toți atomii din PTK6, PLMN, IRAK1 și CTBP1 și au fost calculate pentru fiecare poziție într-o fereastră cu 5 reziduuri. Valorile pentru reziduurile P5 - P5 ’sunt evidențiate cu roșu, media-medie și valorile SD calculate pentru site-urile P5 - P5’ sunt prezentate între paranteze. Numerotarea reziduurilor începe în fiecare caz de la primul reziduu de proteine ​​din fișierul de coordonate.

Scindarea substraturilor proteice de fuziune recombinate prin SARS-CoV-2 3CLpro. Substraturile His6-MBP-mEYFP care conțin secvențe ale site-ului de scindare TSAVLQ * SGFRKM (SARS-CoV-2 nsp4) sau REGTRVQ * SVEQIRE (CTBP1) au fost digerate cu SARS CoV-2 3CLpro. După SDS-PAGE, gelul a fost colorat cu colorant Coomassie. Proteinele neclivite și SARS-CoV-2 PR sunt prezentate prin linii continue și, respectiv, întrerupte, în timp ce asteriscurile indică produse de scindare. Imaginile cu gel sunt reprezentative ale ≥ 2 experimente paralele.

Determinarea siturilor de clivaj de către MALDI-TOF MS. În reacțiile de clivaj His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP (a), CTBP1 recombinant (b) și His6-MBP-REGTRVQ * SVEQIRE-mEYFP proteine ​​(c) au fost utilizate ca substraturi. Greutățile moleculare (Da) ale SARS-CoV-2 3CLpro sunt marcate cu negru, valorile pentru substraturile de lungime completă sunt prezentate prin culoarea albastru închis, în timp ce fragmentele proteolitice sunt colorate cu albastru deschis și respectiv verde. De asemenea, sunt prezentate secvențe ale site-ului de scindare, asteriscurile indică poziția de scindare.

Analiza cinetică a SARS-CoV-2 3CLpro folosind substraturi proteice de fuziune recombinante. Datele obținute pentru substraturile His6-MBP-TSAVLQ * SGFRKM-mEYFP și His6-MBP-REGTRVQ * SVEQIRE-mEYFP sunt prezentate prin cercuri și, respectiv, pătrate. Mediile valorilor obținute din două experimente paralele sunt reprezentate grafic, barele de eroare reprezintă SD. Parametrii cinetici sunt prezentați în Tabelul 2 .