Fiziologia exercițiului

Editat de
Giuseppe D'Antona

Universitatea din Pavia, Italia

Revizuite de
Roberto Cannataro

Universitatea din Calabria, Italia

Kaleen M. Lavin

Universitatea Alabama din Birmingham, Statele Unite

Afilierile editorului și ale recenzenților sunt cele mai recente oferite în profilurile lor de cercetare Loop și este posibil să nu reflecte situația lor în momentul examinării.

codifică

  • Descărcați articolul
    • Descărcați PDF
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • Suplimentar
      Material
  • Citarea exportului
    • Notă finală
    • Manager de referință
    • Fișier TEXT simplu
    • BibTex
DISTRIBUIE PE

Cercetare originală ARTICOL

  • Laboratorul de biologie de bază a celulelor stem (LABCET), Institutul Carlos Chagas - FIOCRUZ-PR, Curitiba, Brazilia

Fundal: Reglarea moleculară legată de beneficiile pentru sănătate ale diferitelor moduri de exercițiu rămâne neclară. ARN-urile necodificatoare lungi (lncRNA) au apărut ca o clasă de ARN cu funcții de reglare în sănătate și boli. Aici, am analizat expresia lncRNA-urilor după diferite programe de antrenament la exerciții și posibilele lor moduri de acțiune legate de adaptările exercițiului fizic.

Metode: Au fost descărcate date publice de înaltă capacitate ARN-seq (biopsii ale mușchilor scheletici) și s-a efectuat analiza bioinformatică. Am analizat în primul rând rapoartele de date despre 12 săptămâni de antrenament de rezistență (RT), antrenament pe intervale de intensitate mare (HIIT) și antrenament combinat (CT). În plus, am analizat datele din 8 săptămâni de antrenament de anduranță (ET). A fost efectuată analiza expresiei diferențiale a ARNlc și a fost ajustată P-valoare 90% din consumul maxim de oxigen [vârf VO2] cu 3 minute pedalând fără sarcină) și 2 zile pe săptămână de mers pe bandă rulantă (45 min la înclinare la 70% VO2 vârf). Antrenamentul combinat (CT) a constat în 4 zile pe săptămână de ridicare a greutăților, cu mai puține repetări decât RT și 5 zile pe săptămână de ciclism (30 de minute la 70% VO2 vârf). Pentru antrenamentul de anduranță (ET), subiecții au folosit un ergometru cu ciclu cu două picioare timp de 8 săptămâni (60 min/zi, 5 zile pe săptămână). Programul de antrenament aerob a constat în 60 de minute de ciclu continuu (70% concentrație de lactat din sânge de 4 mmol/l [LT4]) și ciclism intermitent (3 min, 50% LT4 + 2 min, 80% LT4 × 12).

Colecție de seturi de date de mare viteză și analize bioinformatice

Datele brute (RNA-seq) au fost descărcate din baza de date 1 Genn Expression Omnibus (GEO) sub numerele de acces GSE97084 și GSE120862. Pe scurt, am selectat 63 de fișiere fastq de la subiecți tineri, care au inclus 22 de fișiere fastq din HIIT (11 de bază și 11 post-antrenament), 20 de fișiere fastq din RT (10 de bază și 10 post-antrenament), 15 fișiere fastq din CT (8 de bază și 7 post training) și 6 fișiere fastq de la ET (3 de bază și 3 post training). Pentru fiecare program de formare, subiecții sunt propriul lor grup de control.

Datele ARN-seq au fost supuse mai întâi unei verificări de control al calității cu FastQC (v.0.11.2). Citirile brute au fost căutate pentru secvențe de ARNr folosind Bowtie2 (v.2.2.5). Apoi, citirile rămase au fost mapate la genomul construit hg19 (GRCh37) folosind STAR (v.2.5.3a). Au fost selectate numai citiri cartografiate unice și s-a verificat analiza componentelor principale ale probei (Figura suplimentară S1). Eșantioanele RT au avut în medie aproximativ 23,7 milioane de lecturi (în total 475.786.397 de lecturi), cu 92,79% citiri cartografiate. Eșantioanele CT au avut în medie aproximativ 23,5 milioane de lecturi (în total 353,831,878 de lecturi), cu 93,23% citiri cartografiate. Eșantioanele HIIT au avut în medie aproximativ 23,1 milioane de lecturi (în total 509.854.713 de lecturi), cu 92,78% citiri cartografiate. Eșantioanele ET au avut în medie aproximativ 52,6 milioane de lecturi (total de 315,875,344), cu 90,3% citiri cartografiate. featureCounts (v.1.6.0) a fost folosit pentru a număra numerele citite mapate la gene cunoscute folosind fișiere GTF de adnotare genică din GENCODE (v.31). Analiza diferențială a expresiei genelor a fost efectuată folosind DESeq2 (v.1.20.0) din numărul brut. Am selectat criteriile de limită pentru log2 (schimbare ori) ≥0,5 sau ≤ - 0,5 și ajustate P-valoare Cuvinte cheie: ARNc, exerciții fizice, antrenament, ARN-seq, mușchi, HIIT

Citare: Bonilauri B și Dallagiovanna B (2020) ARN-urile lungi necodificate sunt exprimate diferențial după diferite programe de antrenament la exerciții. Față. Fiziol. 11: 567614. doi: 10.3389/fphys.2020.567614

Primit: 30 mai 2020; Acceptat: 25 august 2020;
Publicat: 15 septembrie 2020.

Giuseppe D’Antona, Universitatea din Pavia, Italia

Roberto Cannataro, Universitatea din Calabria, Italia
Kaleen M. Lavin, Universitatea din Alabama la Birmingham, Statele Unite