PARC2

Scorul adnotării: 3 din 5

park2

Scorul de adnotare oferă o măsură euristică a conținutului de adnotare al unei intrări sau proteome UniProtKB. Acest scor nu poti să fie utilizat ca o măsură a acurateței adnotării, deoarece nu putem defini „adnotarea corectă” pentru nicio proteină dată.

- Dovezi experimentale la nivelul transcrierii i

Acest lucru indică tipul de dovezi care susține existența proteinei. Rețineți că dovada „existenței proteinelor” nu oferă informații cu privire la acuratețea sau corectitudinea secvențelor afișate.

Selectați o secțiune din stânga pentru a vedea conținutul.

Această secțiune oferă orice informații utile despre proteine, în principal cunoștințe biologice.

Informații care au fost generate de sistemul automat de adnotare UniProtKB, fără validare manuală.

Afirmare automată conform regulilor i

Această subsecțiune a secțiunii Funcție descrie activitatea catalitică a unei enzime, adică o reacție chimică pe care enzima o catalizează.

Activitatea catalitică i

Afirmare automată conform regulilor i

Această subsecțiune a secțiunii „Funcție” descrie căile metabolice asociate cu o proteină.

Calea i: ubiquitinarea proteinelor

Afirmare automată conform regulilor i

  • PIRNR: PIRNR037880

Vizualizați toate proteinele acestui organism despre care se știe că sunt implicate în calea ubiquitinării proteinelor și în modificarea proteinelor.

Site-uri

Această subsecțiune a secțiunii Funcție este utilizată pentru enzime și indică reziduurile implicate direct în cataliză.

Afirmare automată conform regulilor i

Proiectul Gene Ontology (GO) oferă un set de vocabular controlat ierarhic împărțit în 3 categorii:

GO - Funcția moleculară i

  • activitate ligază Sursa: UniProtKB-KW
  • legarea ionilor metalici Sursa: UniProtKB-KW
  • activitatea ubiquitin-protein transferază Sursa: UniProtKB-UniRule

Cuvintele cheie UniProtKB constituie un vocabular controlat cu o structură ierarhică. Cuvintele cheie rezumă conținutul unei intrări UniProtKB și facilitează căutarea proteinelor de interes.

Informații care au fost importate dintr-o altă bază de date folosind proceduri automate.

Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i

Afirmare automată conform regulilor i

Afirmare automată conform regulilor i

Afirmare automată conform regulilor i

Baze de date cu enzime și căi

UniPathway: o resursă pentru explorarea și adnotarea căilor metabolice

Această secțiune oferă informații despre numele și sinonimele (proteinele) și genele și despre organismul care este sursa secvenței de proteine.

Nume și taxonomie i

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă o listă exhaustivă a tuturor denumirilor proteinelor, de la cele utilizate în mod obișnuit până la învechire, pentru a permite identificarea fără echivoc a unei proteine.

Afirmare automată conform regulilor i

  • PIRNR: PIRNR037880
(CE: 2.3.2.-
  • Căutați proteine ​​în UniProtKB pentru acest număr EC.
  • Vezi descrierea acestui număr CE în ENZYME.
Adnotare UniRule

Afirmare automată conform regulilor i

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie indică numele (numele) genei care codifică secvența (secvențele) de proteine ​​descrise în intrare. Există patru jetoane distincte: „Nume”, „Sinonime”, „Nume de locus ordonat” și „Nume ORF”.

Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă informații cu privire la numele (numele) organismului care este sursa secvenței de proteine.

Afirmație automată dedusă din intrările bazei de date i

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie arată identificatorul unic atribuit de NCBI organismului sursă al proteinei. Acesta este cunoscut sub numele de „identificator taxonomic” sau „taxid”.

Această subsecțiune a secțiunii Numele și taxonomia conține linia de clasificare ierarhică taxonomică a organismului sursă. Acesta listează nodurile așa cum apar de sus în jos în arborele taxonomic, cu gruparea mai generală listată mai întâi.

Această secțiune oferă informații despre localizarea și topologia proteinei mature din celulă.

Localizarea subcelulară i

Regiune extracelulară sau secretată

Afirmație computerizată automată

Grafică de Christian Stolte și Seán O'Donoghue; Sursă:

Citosol
Mitocondrie
Nucleu
Alte locații

Cuvinte cheie - Componenta celulară i

Afirmare automată conform regulilor i

Această secțiune oferă informații cu privire la structura cuaternară a unei proteine ​​și la interacțiunile cu alte proteine ​​sau complexe proteice.

Această subsecțiune a secțiunii „Interacțiune” oferă informații despre structura cuaternară a proteinei și interacțiunile cu alte proteine ​​sau complexe proteice (cu excepția interacțiunilor receptor-fiziologic ligand care sunt adnotate în secțiunea „Funcție”).

Structura subunității i

Formează un complex E3 ubiquitin ligază cu UBE2L3 sau UBE2L6.

Afirmare automată conform regulilor i

Această secțiune oferă informații despre asemănările secvenței cu alte proteine ​​și domeniul (domeniile) prezent (e) într-o proteină.

Familia și domeniile i

Domenii și repetări

Această subsecțiune a secțiunii Familie și domenii descrie poziția și tipul unui domeniu, care este definit ca o combinație specifică de structuri secundare organizate într-o structură sau o pliere caracteristică tridimensională.

Informații care au fost generate de sistemul automat de adnotare UniProtKB, fără validare manuală.

Afirmație automată dedusă din potrivirea semnăturii i

Afirmație automată dedusă din potrivirea semnăturii i

Regiune

Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” descrie o regiune de interes care nu poate fi descrisă în alte subsecțiuni.

Afirmare automată conform analizei secvenței i

Bias compozit

Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” descrie poziția regiunilor de prejudecată compozițională din cadrul proteinei și a aminoacizilor care sunt supra-reprezentați în acele regiuni.

Afirmare automată conform analizei secvenței i

Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” oferă informații despre similaritatea secvenței cu alte proteine.

Asemănări secvențiale i

Afirmare automată conform regulilor i

Cuvinte cheie - Domeniul i

Afirmare automată conform regulilor i

Afirmare automată conform regulilor i

Baze de date familiale și de domenii

Resursă integrată de familii de proteine, domenii și site-uri funcționale

Sistemul de clasificare PANTHER

Baza de date a domeniului proteinei Pfam

PIRSF; o bază de date de clasificare a proteinelor întregi

Baza de date a amprentelor cu motive proteice; o bază de date de domeniu proteic

Instrument simplu de cercetare a arhitecturii modulare; o bază de date de domeniu proteic

Baza de date a superfamiliei de adnotări structurale și funcționale

CERE; un domeniu de proteine ​​și o bază de date familială

Această secțiune afișează în mod implicit secvența canonică de proteine ​​și la cerere toate izoformele descrise în intrare. De asemenea, include informații relevante pentru secvență (e), inclusiv lungimea și greutatea moleculară. Informațiile sunt înregistrate în diferite subsecțiuni. Subsecțiunile actuale și conținutul acestora sunt enumerate mai jos:

Această subsecțiune a secțiunii Secvență indică dacă secvența canonică afișată implicit în intrare este completă sau nu.

Starea secvenței i: Complet.

Suma de control este o formă de verificare a redundanței care este calculată din secvență. Este util pentru urmărirea actualizărilor secvenței.

Trebuie remarcat faptul că, deși, în teorie, două secvențe diferite ar putea avea aceeași valoare a sumei de control, probabilitatea ca acest lucru să se întâmple este extrem de scăzută.

Cu toate acestea, UniProtKB poate conține intrări cu secvențe identice în cazul mai multor gene (paralogi).

Suma de control este calculată ca secvență 64-bit Cyclic Redundancy Check value (CRC64) folosind polinomul generatorului: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Algoritmul este descris în standardul ISO 3309.

Presă W.H., Flannery BP, Teukolsky S.A. și Vetterling W.T.
Redundanță ciclică și alte sume de control
Rețete numerice în ediția a II-a C, Pp896-902, Cambridge University Press (1993))

Suma de verificare: i 6EB0E2152B5C010B

Baze de date secvențiale

Baza de date a secvențelor de nucleotide EMBL

Baza de date de secvențe de nucleotide GenBank

DNA Data Bank din Japonia; o bază de date de secvențe de nucleotide

Această secțiune oferă legături către proteine ​​similare cu secvența (secvențele) de proteine ​​descrise în această intrare la diferite niveluri ale pragurilor de identitate a secvenței (100%, 90% și 50%) pe baza apartenenței lor la clusterele de referință UniProt (UniRef).

Proteine ​​similare i

Această secțiune este utilizată pentru a indica informații legate de intrări și găsite în colecții de date, altele decât UniProtKB.

Baze de date secvențiale

Baze de date cu structură 3D

Baza de date a modelelor comparative de structuri proteice

Spațiul de lucru interactiv SWISS-MODEL

Baze de date cu enzime și căi

Baze de date familiale și de domenii

ProtoNet; Clasificarea ierarhică automată a proteinelor

MobiDB: o bază de date cu tulburări de proteine ​​și adnotări de mobilitate

Această secțiune oferă informații generale despre intrare.

Informații de intrare i

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” oferă un identificator mnemonic pentru o intrare UniProtKB, dar nu este un identificator stabil. Fiecărei intrări revizuite i se atribuie un nume de intrare unic la integrarea în UniProtKB/Swiss-Prot.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații de intrare” furnizează unul sau mai multe numere de acces. Aceștia sunt identificatori stabili și ar trebui folosiți pentru a citi intrările UniProtKB. După integrarea în UniProtKB, fiecărei intrări i se atribuie un număr unic de accesare, numit „număr de accesare primar (citabil)”.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” arată data integrării intrării în UniProtKB, data ultimei actualizări a secvenței și data ultimei modificări de adnotare („Ultima modificare”). De asemenea, sunt afișate numărul versiunii atât pentru intrare, cât și pentru secvența canonică.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” indică dacă intrarea a fost adnotată manual și revizuită de curatorii UniProtKB sau nu, cu alte cuvinte, dacă intrarea aparține secțiunii Swiss-Prot din UniProtKB (revizuit) sau la secțiunea TrEMBL adnotată de computer (nerecomandat).

Instrumente
Date de bază
Date suport
  • Citări de literatură
  • Taxonomie
  • Cuvinte cheie
  • Locații subcelulare
  • Baze de date cu referințe încrucișate
  • Boli
informație
  • Despre UniProt
  • Ajutor
  • FAQ
  • Manual UniProtKB
  • Colț tehnic
  • Biocurarea expertă
UniProt este o resursă de bază ELIXIR

Dorim să vă informăm că ne-am actualizat Notificarea de confidențialitate pentru a respecta noul Regulament general privind protecția datelor (GDPR) din Europa care se aplică începând cu 25 mai 2018.