SPL11

Scorul adnotării: 4 din 5

pete

Scorul de adnotare oferă o măsură euristică a conținutului de adnotare al unei intrări sau proteome UniProtKB. Acest scor nu poti să fie utilizat ca o măsură a acurateței adnotării, deoarece nu putem defini „adnotarea corectă” pentru nicio proteină dată.

- Dovezi experimentale la nivel de proteine ​​i

Acest lucru indică tipul de dovezi care susține existența proteinei. Rețineți că dovada „existenței proteinelor” nu oferă informații cu privire la acuratețea sau corectitudinea secvențelor afișate.

Selectați o secțiune din stânga pentru a vedea conținutul.

Această secțiune oferă orice informații utile despre proteine, în principal cunoștințe biologice.

Informații curate manual pentru care există dovezi experimentale publicate.

Afirmație manuală bazată pe experiment în i

Această subsecțiune a secțiunii Funcție descrie activitatea catalitică a unei enzime, adică o reacție chimică pe care enzima o catalizează.

Activitatea catalitică i

Această subsecțiune a secțiunii „Funcție” descrie căile metabolice asociate cu o proteină.

Calea i: ubiquitinarea proteinelor

Proiectul Gene Ontology (GO) oferă un set de vocabular controlat ierarhic împărțit în 3 categorii:

GO - Funcția moleculară i

Cuvintele cheie UniProtKB constituie un vocabular controlat cu o structură ierarhică. Cuvintele cheie rezumă conținutul unei intrări UniProtKB și facilitează căutarea proteinelor de interes.

Baze de date cu enzime și căi

UniPathway: o resursă pentru explorarea și adnotarea căilor metabolice

Această secțiune oferă informații despre numele și sinonimele (proteinele) și genele și despre organismul care este sursa secvenței de proteine.

Nume și taxonomie i

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă o listă exhaustivă a tuturor denumirilor proteinelor, de la cele utilizate în mod obișnuit până la învechire, pentru a permite identificarea fără echivoc a unei proteine.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie indică numele (numele) genei care codifică secvența (secvențele) de proteine ​​descrise în intrare. Există patru jetoane distincte: „Nume”, „Sinonime”, „Nume de locus ordonat” și „Nume ORF”.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie oferă informații cu privire la numele (numele) organismului care este sursa secvenței de proteine.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie arată identificatorul unic atribuit de NCBI organismului sursă al proteinei. Acesta este cunoscut sub numele de „identificator taxonomic” sau „taxid”.

Această subsecțiune a secțiunii Numele și taxonomia conține linia de clasificare ierarhică taxonomică a organismului sursă. Acesta listează nodurile așa cum apar de sus în jos în arborele taxonomic, cu gruparea mai generală listată mai întâi.

Această subsecțiune a secțiunii Nume și taxonomie este prezentă pentru intrările care fac parte dintr-un proteom, adică a unui set de proteine ​​considerate a fi exprimate de organisme ale căror genomi au fost complet secvențați.

Un proteom UniProt poate consta din mai multe componente.
Numele componentei se referă la componenta genomică care codifică un set de proteine.

Această secțiune oferă informații despre boala (bolile) și fenotipul (ele) asociate cu o proteină.

Patologie și Biotehnologie i

Această subsecțiune a secțiunii „Patologie și biotehnologie” descrie efectele in vivo cauzate de ablația genei (sau a unuia sau mai multor transcrieri) care codifică proteina descrisă în intrare. Aceasta include eliminarea și eliminarea genelor, cu condiția ca experimentele să fi fost efectuate în contextul unui organism întreg sau a unui țesut specific, și nu la nivelul unei singure celule.

Fenotip de întrerupere i

Afirmație manuală bazată pe experiment în i

Mutageneză

Această subsecțiune a secțiunii „Patologie și biotehnologie” descrie efectul mutației experimentale a unuia sau mai multor aminoacizi asupra proprietăților biologice ale proteinei.

Afirmație manuală bazată pe experiment în i

Această secțiune descrie modificările post-traducere (PTM) și/sau evenimentele de procesare.

PTM/Procesare i

Prelucrarea moleculelor

Această subsecțiune a secțiunii „PTM/Prelucrare” descrie întinderea unui lanț polipeptidic în proteina matură după procesare sau scindare proteolitică.

Această secțiune oferă informații cu privire la expresia unei gene la nivelul ARNm sau proteine ​​în celule sau în țesuturile organismelor multicelulare.

Această subsecțiune a secțiunii „Expresie” oferă informații despre expresia unei gene la nivelul ARNm sau proteine ​​în celule sau în țesuturile organismelor multicelulare. În mod implicit, informațiile sunt derivate din experimente la nivelul ARNm, cu excepția cazului în care este specificat „la nivelul proteinei”.
Exemple: P92958, Q8TDN4, O14734

Specificitatea țesutului i

Afirmație manuală bazată pe experiment în i

Această subsecțiune a secțiunii „Expresie” raportează efectele dovedite experimental ale inductorilor și represorilor (de obicei compuși chimici sau factori de mediu) asupra nivelului de exprimare a proteinelor (sau ARNm) (reglare ascendentă, reglare descendentă, expresie constitutivă).

Această secțiune oferă informații cu privire la structura terțiară și secundară a unei proteine.

Baze de date cu structură 3D

Depozitul SWISS-MODEL - o bază de date cu modele de structuri proteice 3D adnotate

Baza de date a modelelor comparative de structuri proteice

Această secțiune oferă informații despre asemănările secvenței cu alte proteine ​​și domeniul (domeniile) prezent (e) într-o proteină.

Familia și domeniile i

Domenii și repetări

Această subsecțiune a secțiunii Familie și domenii descrie poziția și tipul unui domeniu, care este definit ca o combinație specifică de structuri secundare organizate într-o structură sau o pliere caracteristică tridimensională.

Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” indică pozițiile și tipurile de motive de secvență repetate sau domenii repetate în cadrul proteinei.

Bias compozit

Această subsecțiune a secțiunii „Familia și domeniile” descrie poziția regiunilor de prejudecată compozițională din cadrul proteinei și a aminoacizilor care sunt supra-reprezentați în acele regiuni.

Cuvinte cheie - Domeniul i

Baze de date familiale și de domenii

Adnotarea structurală și funcțională Gene3D a familiilor de proteine

Resursă integrată de familii de proteine, domenii și site-uri funcționale

Baza de date a domeniului proteinei Pfam

Instrument simplu de cercetare a arhitecturii modulare; o bază de date de domeniu proteic

Baza de date a superfamiliei de adnotări structurale și funcționale

CERE; un domeniu de proteine ​​și o bază de date familială

Această secțiune afișează în mod implicit secvența canonică de proteine ​​și la cerere toate izoformele descrise în intrare. De asemenea, include informații relevante pentru secvență (e), inclusiv lungimea și greutatea moleculară. Informațiile sunt înregistrate în diferite subsecțiuni. Subsecțiunile actuale și conținutul acestora sunt enumerate mai jos:

Această subsecțiune a secțiunii Secvență indică dacă secvența canonică afișată implicit în intrare este completă sau nu.

Starea secvenței i: Complet.

Suma de control este o formă de verificare a redundanței care este calculată din secvență. Este util pentru urmărirea actualizărilor secvenței.

Trebuie remarcat faptul că, deși, în teorie, două secvențe diferite ar putea avea aceeași valoare a sumei de control, probabilitatea ca acest lucru să se întâmple este extrem de scăzută.

Cu toate acestea, UniProtKB poate conține intrări cu secvențe identice în cazul mai multor gene (paralogi).

Suma de control este calculată ca secvență 64-bit Cyclic Redundancy Check value (CRC64) folosind polinomul generatorului: x 64 + x 4 + x 3 + x + 1. Algoritmul este descris în standardul ISO 3309.

Presă W.H., Flannery BP, Teukolsky S.A. și Vetterling W.T.
Redundanță ciclică și alte sume de control
Rețete numerice în ediția a II-a C, Pp896-902, Cambridge University Press (1993))

Suma de verificare: i 3FEDB892C7289E05

Baze de date secvențiale

Baza de date a secvențelor de nucleotide EMBL

Baza de date de secvențe de nucleotide GenBank

DNA Data Bank din Japonia; o bază de date de secvențe de nucleotide

Această secțiune oferă legături către proteine ​​similare cu secvența (secvențele) de proteine ​​descrise în această intrare la diferite niveluri ale pragurilor de identitate a secvenței (100%, 90% și 50%) pe baza apartenenței lor la clusterele de referință UniProt (UniRef).

Proteine ​​similare i

Această secțiune este utilizată pentru a indica informații legate de intrări și găsite în colecții de date, altele decât UniProtKB.

Baze de date secvențiale

Baze de date cu structură 3D

Baze de date cu enzime și căi

Baze de date familiale și de domenii

ProtoNet; Clasificarea ierarhică automată a proteinelor

MobiDB: o bază de date cu tulburări de proteine ​​și adnotări de mobilitate

Această secțiune oferă informații generale despre intrare.

Informații de intrare i

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” oferă un identificator mnemonic pentru o intrare UniProtKB, dar nu este un identificator stabil. Fiecărei intrări revizuite i se atribuie un nume de intrare unic la integrarea în UniProtKB/Swiss-Prot.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații de intrare” furnizează unul sau mai multe numere de acces. Aceștia sunt identificatori stabili și ar trebui folosiți pentru a citi intrările UniProtKB. După integrarea în UniProtKB, fiecărei intrări i se atribuie un număr unic de accesare, numit „număr de accesare primar (citabil)”.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” arată data integrării intrării în UniProtKB, data ultimei actualizări a secvenței și data ultimei modificări de adnotare („Ultima modificare”). De asemenea, sunt afișate numărul versiunii atât pentru intrare, cât și pentru secvența canonică.

Această subsecțiune a secțiunii „Informații despre intrare” indică dacă intrarea a fost adnotată manual și revizuită de curatorii UniProtKB sau nu, cu alte cuvinte, dacă intrarea aparține secțiunii Swiss-Prot din UniProtKB (revizuit) sau la secțiunea TrEMBL adnotată de computer (nerecomandat).

Această secțiune conține orice informații relevante care nu se încadrează în alte secțiuni definite