Revizuirea anuală a biochimiei

site-ului

Departamentul de Chimie, Universitatea Stanford, Stanford, California 94305; e-mail: [e-mail protejat]

Abstract

Abstract Diversi factori fizico-chimici influențează fidelitatea replicării ADN-ului. Din moment ce se știe că legăturile de hidrogen Watson-Crick nu sunt necesare pentru o replicare eficientă și selectivă a unei perechi de baze de către enzimele ADN polimerazei, au fost examinați o serie de factori fizici alternativi pentru a explica eficiența acestor enzime. Printre acești factori se numără legarea minoră a hidrogenului canelat, stivuirea bazelor, solvatarea și efectele sterice. Discutăm conceptul de etanșeitate activă a sitului în ADN polimeraze și luăm în considerare modul în care ar putea influența efectele sterice (dimensiunea și forma) selecției nucleotidelor în sinteza unei perechi de baze. Un nivel ridicat de etanșeitate activă a site-ului este de așteptat să ducă la o fidelitate mai mare în raport cu proteinele cu site-uri active mai slabe. Analizăm datele actuale cu privire la ce părți și dimensiuni ale siturilor active sunt cele mai afectate de dimensiune și formă, pe baza datelor cu nucleotide modificate care au fost examinate ca substraturi de polimerază. De asemenea, discutăm date recente despre analogii nucleotidici care prezintă o fidelitate mai mare decât cele naturale. Datele publicate sunt discutate în vederea testării acestei ipoteze bazate steric și a unificării observațiilor existente într-o gamă limitată de efecte.