Abstract

Descrierea populației studiate

virom

Profil de îmbogățire a epitopilor peptidici la nivel de virom la populația obeză versus cea slabă

Peptidele care au fost imunoprecipitate de anticorpi prezenți în probele serice și au trecut pragurile de semnificație și reproductibilitate pentru îmbogățire au fost numărate pe virus per specimen. Diagramele cu bare care prezintă media de eroare standard (SEM) a numărului de peptide îmbogățite pentru cei mai răspândiți viruși (> 10%) între grupurile slabe și obeze din cohorta adultă (A) și pediatrică (B). * p Vizualizați acest tabel:

  • Vizualizați în linie
  • Vizualizați fereastra pop-up
  • Descărcați PowerPoint

Caracteristicile de performanță ale metodei VirScan PhIP-Seq pentru detectarea serologică a CMV, EBV și HSV în comparație cu metodele standard

Seroprevalență virală și populație în raport cu populația slabă

Seropozitivitatea la un virus a fost determinată pe baza scorului ajustat al speciilor (≥1) sau a numărului total de peptide îmbogățite per virus normalizat cu pragul specific virusului. Parcelele cu bare și parcelele forestiere prezintă date pentru viruși care sunt prevalenți cu cel puțin 10% fie în obezitate, fie în populație slabă sau în ambele populații și sunt nominal (p≤0,05 din testul exact Fisher) asociat pozitiv sau negativ cu obezitatea. Comparația seroprevalenței virale la populația obeză și slabă din cohorta adultă (A) și (C) cohorta pediatrică. *** Viruși care au trecut pragul de semnificație după corectarea Bonferroni (p≤0.00115). Asocierea virală cu obezitatea prezentată de log (probabilitate) cu IC 95% în (A) cohorta adultă și (C) cohorta pediatrică.

Asocierile de vârstă, sex și starea IMC cu scorurile virale ajustate. Hărți termice care arată coeficienți de asociere cu valori beta ajustate pentru (A) cohorta adultă și (B) cohorta pediatrică.

Peptide îmbogățite diferențial la populația obeză versus slabă

Peptidele îmbogățite ale bibliotecii de afișare a fagilor VirScan care au fost asociate pozitiv sau negativ cu obezitatea cu un raport de cote minim de 2 (= +/- 0.693 în scara log) cu prag de semnificație adică Se trasează 0,005 (= 2,9 pentru –Log (valoarea p)). Parcele vulcanice care arată distribuția peptidelor îmbogățite diferențial pe baza valorilor lor OR și p în populația adultă și în populația pediatrică (B). Parcele de vioară care prezintă peptidele îmbogățite diferențial grupate sub specii virale cu OR și CI 95%. *** Peptidele care au depășit pragul de semnificație după populația de corecție Bonferroni (p 18 ani), seropozitivitatea la CMV a fost asociată cu obezitatea doar la populația masculină.

În studiul nostru, obezitatea nu a fost asociată cu adenovirusul uman sau cu oricare dintre serotipurile sale (Adv-5, Adv-9, Adv-31, Adv-36 și Adv-37) care anterior au fost raportate ca fiind asociate cu obezitatea, epidemiologic sau legată de creșterea lipogenezei in vitro, sugerând că adenovirusurile pot avea un rol limitat în incidența unor rate ridicate de obezitate în rândul qatarilor. Într-un studiu recent, Lessan și colab. au demonstrat că seroprevalența Adv-36 în Emiratele Arabe Unite (EAU) este mult mai mare în populația lor, deși nu există nicio diferență semnificativă în prevalența acestui virus în populațiile obeze și slabe (24). Datele noastre despre adenovirus oferă sprijin suplimentar pentru această constatare la o populație foarte similară.

O descoperire întâmplătoare, dar interesantă în studiul nostru este asocierea negativă a familiei de picornavirusuri cu obezitatea. Acest fenomen a fost observat doar la populația adultă și poate fi potențial legat de imunitatea în scădere față de acești viruși odată cu vârsta. Imunitatea afectată asociată cu obezitatea la diferite infecții precum gripa, pneumonia, Helicobacter pyrolii și infecțiile nosocomiale sau răspunsul slab la vaccinuri precum hepatita B, tetanos și vaccinurile antigripale au fost descrise în literatura de specialitate (21). Cu toate acestea, nu există rapoarte privind imunitatea afectată sau susceptibilitatea mai mare la infecții cu picornavirusuri, cum ar fi enterovirusurile și rinovirusurile în raport cu obezitatea. Interesant este că nu există o astfel de asociere la populația pediatrică. Acest lucru poate fi legat de rate mai mari de infecție cu acești viruși la copii, iar sistemul lor imunitar este provocat continuu de acești viruși. Aceste descoperiri sunt noi și justifică investigații suplimentare într-un studiu separat.

În concluzie, am realizat un studiu de seroprevalență la nivel de virom pentru a detecta asocierile dintre expunerile virale anterioare și obezitatea la o populație extrem de endemică pentru obezitate. Analiza noastră a relevat o puternică asociere pozitivă a obezității cu HSV-1 și asocieri nominale cu alte herpesvirusuri. Descoperirea noastră poate avea implicații pentru înțelegerea cauzelor care stau la baza unei prevalențe mai ridicate a obezității, nu numai în rândul qatarilor, ci și în rândul cetățenilor altor țări din Peninsula Arabică.

Materiale și metode

Proiectarea studiului și subiecte

Pentru cohorta adultă, 800 de probe de ser selectate aleatoriu au fost obținute de la Qatar Biobank (QBB). Această cohortă reprezintă cetățenii și rezidenții pe termen lung din Qatar (care au locuit în Qatar> 15 ani) cu vârsta ≥18 ani. Au fost colectate date despre vârstă, sex, etnie și IMC. Eșantioanele de la participanți non-qatari și eșantioanele pentru care nu existau date IMC au fost excluse din analiză. De asemenea, au fost utilizate specimene de la subiecți care se încadrează în categoria supraponderală (IMC> 25-10 unități formatoare de plăci) care prezintă 115.753 peptide și secvențierea a fost efectuată folosind o platformă Illumina NextSeq500 și NextSeq 500/550 High Output Kit v2.5 (75 Cycles) kituri (Illumina). Fiecare specimen a fost testat în două replici tehnice. Fiecare lot de secvențiere a constat din specimene reprezentând subiecți obezi și slabi, controale de tip mock-IP, control pozitiv și bibliotecă de intrare în mod aleatoriu, cu scopul de a minimiza efectele de lot asupra datelor de ieșire. Analiza PhIP-Seq a unui total de 688 de specimene a fost finalizată în 12 etape de secvențiere NextSeq500.

Test serologic

Probele de ser din cohorta pediatrică au fost evaluate pentru titrurile de anticorpi IgG împotriva CMV (n = 221), EBV (n = 221) și HSV-1 și 2 (n = 219) folosind LIAISON® CMV IgG II, EBNA IgG și HSV-1/2 teste IgG pe un analizor automat de chemiluminiscență LIAISON® XL (DiaSorin) conform instrucțiunilor producătorului și procedurilor de operare standard (SOP) de la laboratorul de serologie al medicinii Sidra. Rezultatele au fost interpretate ca fiind pozitive, negative și echivoce conform criteriilor producătorului. Rezultatele echivoce au fost excluse din analiză.

analize statistice

Statisticile descriptive au fost prezentate ca medii ± deviație standard (SD) pentru variabilele continue sau ca numere și procente pentru variabilele nominale/categorice. Datele VirScan au fost filtrate pentru peptidele îmbogățite așa cum s-a descris anterior (16). Pe scurt, am imputat mai întâi valorile p (-log10 transformate) prin montarea unui model Poisson generalizat cu umflare zero la distribuția numărului de ieșiri urmat de regresia parametrilor pentru fiecare secvență de peptide pe baza numărului de citiri de intrare. Peptidele cu un prag de reproductibilitate (-log10 (valoarea P) ≥ 2,3) în ambele repetări tehnice au fost filtrate în continuare pentru lovituri sporadice prin îndepărtarea peptidelor care au fost, de asemenea, îmbogățite semnificativ în cel puțin două controale IP-simulate (numai margele). De asemenea, am considerat o lovitură peptidică semnificativă dacă aceeași peptidă îmbogățită în mai multe probe. Numărul mediu de peptide îmbogățite pentru diferite specii virale a fost comparat folosind valorile p din testul U Mann-Whitney pentru fiecare specie.

Analiza de regresie logistică multivariată a fost efectuată pentru a testa asociațiile de vârstă, sex și starea IMC cu scoruri virale ajustate (după ce s-au aplicat praguri specifice virusului) în loc de rezultate categorice. O valoare p ajustată 1. ↵