Revizuirile sistematice colectează și analizează documente pentru a găsi răspunsuri la întrebări importante. sysrev.com revoluționează revizuirea cu o aplicație web modernă și inteligență artificială.

într-o revizuire

Sysrev.com este un instrument gratuit care îmbină principiile accesului deschis cu revizuirea sistematică a literaturii pentru a crea un nou tip de revizuire completă a literaturii. Sysrev este deja utilizat în sute de proiecte publice - dintre care 15 se potrivesc numai cu întrebarea „cancer”.

Dacă doriți să începeți acum, trebuie doar să vizitați pagina de destinație și să vă înscrieți - sysrev este gratuit pentru proiecte publice. De asemenea, puteți utiliza scurtul nostru tutorial pentru a vă ajuta să începeți la blog.sysrev.com/getting-started.

În acest post, vă explicăm cum funcționează recenziile sistematice și cum să le efectuați cu cele mai noi instrumente de calcul.

Ce este o revizuire sistematică?

Sysrevs poate fi împărțit în 4 pași:

  1. Stabiliți o claritate Obiectiv
  2. Căutare pentru literatura relevantă
  3. Ecran literatură și Extrage date
  4. Raport rezultate

Obiectiv: Într-o revizuire sistematică din 2004 Chirurgie bariatrică - o analiză sistematică și meta-analiză Buchwald a căutat să „determine impactul chirurgiei bariatrice asupra pierderii în greutate, rezultatului mortalității operative și a 4 comorbidități ale obezității” [1]. Aceste 3 obiective indică în mod clar scopul revizuirii. Dacă se răspunde în mod corespunzător, acestea pot schimba modul în care se efectuează intervenția chirurgicală bariatrică.

De fapt, rezultatele acestor studii au impact semnificativ, publicația de mai sus a fost menționată de peste 6000 de ori, făcându-l una dintre cele mai autorizate surse de chirurgie bariatrică.

Analizele sistematice pot avea efecte semnificative în aval asupra cercetării și practicii. În stânga, Google scholar identifică o revizuire sistematică a chirurgiei bariatrice ca având 6813 de citații. În partea dreaptă Semantic Scholar identifică 183 de publicații în care a fost „extrem de influent”.

Obiectivele sunt încă un efort uman. Vă ajută să începeți orice proiect cu o idee clară a ceea ce doriți să realizați. Obiectivele clare ajută la informarea fiecărui alt pas într-o recenzie și vă permit să definiți dacă avansați sau nu spre un scop.

Unele obiective ar putea fi în cele din urmă automatizate, în special obiective care pot fi generalizate. Întrebări precum „Ce tratamente sunt cele mai eficiente împotriva bolii x?” și "Ce variante genetice provoacă reacții adverse la tratamentul z?" poate fi pus și abordat prin metode de procesare a limbajului natural. Totuși, aceste întrebări se bazează pe o înțelegere sistematică a reacțiilor adverse, a bolilor și a tratamentelor.

Numirea și definirea categoriilor, proprietăților și relațiilor prin ontologii formale devin utile aici, dar instrumentele actuale de revizuire au început doar această practică. Ontologiile sunt o metodă de reprezentare a limbajului într-un mod ușor de înțeles de computere. Baza de date NCBI subiect medical (MESH) ar putea fi considerată o ontologie, iar turnătoria OBO conține multe ontologii descărcabile de boli, medicamente, gene și multe altele.

Căutare: Pentru a răspunde obiectivului, trebuie formate interogări de căutare atente pentru a găsi documente relevante pentru subiect într-un mod imparțial. Recenzii mai ample ale literaturii vor cita uneori mai multe baze de date ale literaturii medicale. Recenzia lui Buchwald folosește MEDLINE, Current Contents și Biblioteca Cochrane pentru a colecta 2738 de citate [1].

Publicațiile de revizuire vor furniza uneori o diagramă care detaliază câte articole au fost revizuite. Din păcate, de obicei nu este posibil să obțineți acces direct la citatele colectate într-o revizuire sistematică tradițională. Cu toate acestea, instrumentele de calcul pot permite cercetătorilor să prezinte o mai mare transparență în fluxul lor de lucru de revizuire prin eliberarea tuturor datelor generate în timpul procesului de revizuire. Aceasta include ce articole au fost colectate.

Permițând recenzorilor să acceseze toate datele de căutare într-o revizuire, devine mai ușor pentru ei să facă referire și să se extindă asupra lucrărilor anterioare.

Sursele articolelor pentru revizuirea NIEHS „Hallmark și cheie a caracteristicilor cheie” la sysrev.com/p/3588. Observați că sursa primară de date conține 57.034 articole care pot fi vizualizate cu butonul „Vizualizați articole”.

Ecran/Extras: Procesul de revizuire a documentelor implică atât verificarea, cât și extragerea datelor. În procesul de screening, articolele sunt eliminate atunci când nu îndeplinesc niște criterii de includere/excludere bine definite. În timpul extragerii datelor, la articolele incluse se răspunde la întrebări bine definite.

Metodele individuale variază, dar de obicei recenziile sistematice sunt efectuate în colaborare, mai multe persoane examinând fiecare document.

În cursul ei Coursera pe toxicologie bazată pe dovezi Dr. Lena Smirnova a făcut metoda de revizuire mai educativă cerând tuturor studenților să revizuiască toate documentele (stânga mai jos). Utilizarea educativă a revizuirii sistematice va primi mai multă atenție în postările viitoare!

În etapa de screening pentru analiza toxicității ficatului, Dr. Katya Tsaioun de la Colaborarea cu toxicitate bazată pe dovezi de la Johns Hopkins a cerut doi recenzori pe document (chiar mai jos).

Instrumente precum sysrev pot ajuta la gestionarea acestui proces de screening și extracție. În ceea ce privește elementele lor de bază, ei pur și simplu alocă sarcini analizatorilor umani relevanți.

Extragerea datelor este o extensie a screening-ului. În faza de extracție, examinatorii „îmbogățesc” datele brute ale documentului identificând etichete sau adnotând text. De exemplu, într-o revizuire a căilor de glioblastom, cercetătorii au identificat tipul de gliom acoperit în fiecare document (mezenchimal, proneural, clasic sau neuronal), împreună cu tipul de date colectate în document (expresia genei, mutație, metilare, amplificare, variația numărului de copii), alte). Această extragere a datelor este extraordinar de laborioasă și se repetă frecvent în recenzii separate. Instrumentele de calcul vor face posibilă partajarea datelor extrase între recenziile sistematice.

Raport: După finalizarea procesului de revizuire, se colectează date și se trag concluzii. În cazul lui Buchwald, „pierderea eficientă în greutate a fost obținută la pacienții cu obezitate morbidă după o intervenție chirurgicală bariatrică. O majoritate substanțială a pacienților cu diabet zaharat, hiperlipidemie, hipertensiune arterială și apnee obstructivă în somn au avut o rezolvare completă sau ameliorare.” [1] Sunete precum chirurgia bariatrică poate au unele efecte majore.

Etapa de raportare a recenziilor sistematice este de obicei livrată într-o publicație. Procesul de evaluare inter pares intră aici în joc și poate contribui la asigurarea unei bune cercetări. Cu toate acestea, atunci când citim concluziile unei revizuiri, trebuie să avem încredere că rezultatele au fost agregate corect și fără prejudecăți. Instrumentele de calcul pot ajuta și aici. Prin efectuarea tuturor datelor într-o revizuire, recenzenții cu acces deschis pot analiza ei înșiși datele. Postările viitoare vor arăta că API-urile de programare pot permite verificarea automată a faptelor în recenziile sistematice.

Finalitatea este o problemă mai mare cu procesul de raportare. Fiecare recenzie publicată nu este niciodată mai corectă decât ziua în care a fost publicată (sau, probabil, cu câteva luni înainte de publicare). Acest lucru se datorează faptului că noile publicații apar în timp și, în cele din urmă, revizuirea devine datată. Mai mulți autori au sugerat „recenzii vii” care se actualizează în timp. Crearea și utilizarea datelor în astfel de recenzii vii se vor baza pe instrumente de calcul.

Am creat sysrev.com pentru a adăuga transparență procesului de revizuire sistematică și a-l extinde la mai multe câmpuri.

Ce este un "sysrev"?

Sysrev este prima platformă de revizuire a accesului deschis din lume. Speră să extindă conceptul de revizuire sistematică la noi surse de date, să automatizeze procesul de revizuire și să democratizeze revizuirea cu principiile FAIR (care pot fi găsite, accesibile, interoperabile, reproductibile).

Proiectele pe sysrev, numite afectiv „sysrevs”, pot fi făcute acces liber prin marcarea lor public. Recenziile publice pot fi găsite cu ușurință pe google sau pe propriul motor de căutare sysrev. Căutați „gene hunter sysrev” pentru a găsi gene hunter sysrev.

Utilizatorii pot, de asemenea, să descarce date din recenzii publice și să vadă informații detaliate despre cine a revizuit articolele dintr-o recenzie publică. De exemplu, puteți vizita articolele examinate în Hopkins sysrev privind toxicitatea hepatică la sysrev.com/p/100. Dând clic pe un nume de utilizator, puteți vizualiza pagina de utilizator a acestuia și puteți vedea alte proiecte la care au participat.

Pagina articolelor de pe sysrev.com/p/100. Vizitând o recenzie publică, puteți vedea exact ce utilizatori au examinat ce articole și ce date au extras. Accesați sysrev.com/p/100/articles pentru a vedea personal.

Procesul de revizuire sistematică este un mod puternic de a extrage informații care pot fi acționate din documente. Sysrev.com oferă o platformă de acces deschis pentru a face procesul de revizuire mai transparent.

Referințe

[1] Buchwald, Henry și colab. "Chirurgia bariatrică: o revizuire sistematică și meta-analiză." Groapa 292.14 (2004): 1724-1737.