Morfometria liniei genetice Pisum sativum L. Sprint-2 semințe colectate la 10 și 20 de zile după polenizare (a.p.). (a, b) Se afișează păstăi, barele de scară sunt egale cu 10 mm. (c, d) Se arată semințele, barele de scară sunt egale cu 5 mm. Greutatea medie a semințelor (e), unde sunt prezentate lungimile de-a lungul axelor lungi (f) și scurte (g). Datele sunt prezentate ca mijloace ± abaterile standard.
Evaluarea îmbunătățirii conținutului BUSCO în timpul pregătirii asamblării transcriptomului. (a) Statisticile inițiale ale ansamblului Trinity. (b) Un ansamblu filtrat care conține duplicate. (c) Un ansamblu final deduplicat.
Modificări transcriptomice în tranziția de la etapele de pre-maturare a semințelor la etapele de umplere a semințelor în Sprint-2. (a) Un număr total de transcrieri exprimate diferențial la 20 DAP comparativ cu 10 semințe DAP. (b) Parcele vulcanice care demonstrează transcrieri exprimate diferențial în 20 de semințe DAP comparativ cu 10 zile după semințele de polenizare (DAP). Graficată pe axa-x este diferența de mai multe ori între 10 semințe DAP și 20 semințe DAP. Graficată pe axa y este −log10 (valoarea q). Genele ale căror modificări de expresie sunt nesemnificative sunt prezentate în gri sub linia roșie, în timp ce genele semnificative exprimate diferențial (FDR c - e) Vizualizarea termenilor supra-reprezentați între genele exprimate diferențial din procesele biologice, componentele celulare și, respectiv, funcția moleculară. Primele zece categorii au fost alese pe aspect și aranjate după valoarea q ajustată. Barele sunt clasificate în funcție de numărul de transcrieri din categoria respectivă exprimate diferențial.
Numărul de gene exprimate diferențial (DEG) din toate comparațiile care implică o asamblare combinată. În fiecare pereche, ultima condiție indică predictorul în comparațiile respective. Plotate sunt DEG-uri unice și cele mai notabile intersecții; pentru versiunea completă, vezi Figura S3 .
Expresie diferențială în 10 semințe DAP ale soiurilor de mazăre Zhewan-1 și Zhongwan-6 comparativ cu Sprint-2. (a, b) Graficele vulcanului care demonstrează transcrieri exprimate diferențial în Zhewan-1 și respectiv Zhongwan-6, comparativ cu Sprint-2. Graficată pe axa-x este diferența de mai multe ori între Sprint-2 și cultivarul corespunzător. Graficat pe axa y este −log10 (valoarea q). Genele ale căror modificări de expresie sunt nesemnificative sunt prezentate în gri sub linia roșie, în timp ce genele semnificative exprimate diferențial (FDR c - e) Vizualizarea termenilor supra-reprezentați între genele exprimate diferențial din procesele biologice, componentele celulare și, respectiv, funcția moleculară. Primele zece categorii au fost alese pe aspect și aranjate după valoarea q ajustată. Barele sunt clasificate în funcție de numărul de transcrieri din categoria respectivă exprimate diferențial.
Expresie diferențială în 20 de semințe DAP ale soiurilor de mazăre Zhewan-1 și Zhongwan-6 comparativ cu Sprint-2. (a, b) Graficele vulcanului care demonstrează transcrieri exprimate diferențial în Zhewan-1 și respectiv Zhongwan-6, comparativ cu Sprint-2. Graficată pe axa-x este diferența de mai multe ori între Sprint-2 și cultivarul corespunzător. Graficat pe axa y este −log10 (valoarea q). Genele ale căror modificări de expresie sunt nesemnificative sunt prezentate în gri sub linia roșie, în timp ce genele semnificative exprimate diferențial (FDR c - e) Vizualizarea termenilor supra-reprezentați între genele exprimate diferențial din aspectele procesului biologic, componentei celulare și, respectiv, funcției moleculare. Primele zece categorii au fost alese pe aspect și aranjate după valoarea q ajustată. Barele sunt clasificate în funcție de numărul de transcrieri din categoria respectivă exprimate diferențial.
Gruparea poissoniană a probelor transcriptomice. Celulele indică profiluri transcriptomice exprimate pentru probele respective ca transcriere la un milion de vectori. Codul de culoare indică măsura de diferențiere bazată pe modelul Poisson al distribuției citite.
Dinamica de maturare discrepantă în Sprint-2 observată la o scară complet transcriptomică. (a) Analiza componentei principale a trei soiuri de mazăre în două momente de timp. Valorile grupate sunt vectori de transcrieri pe milion de valori pentru probele respective. Componentele primare explică procentul varianței observate, după cum urmează: PC1: 60,0%; PC2: 11,9%; PC3: 8,9%; PC4: 5,2%; PC5: 4,2%. (b) Vectorii modificărilor transcriptomice care conectează stările: de la Sprint-2 10 zile la Sprint-2 20 zile (vector verde), de la Sprint-2 10 zile la Zhongwan-6 10 zile (roșu) și Zhewan-1 10 zile), și de la Sprint-2 20 zile la Zhongwan-6 25 zile (roșu) și Zhewan-1 25 zile (galben), sunt afișate. Unghiurile dintre vectori corespund arcosozinului similarității cosinusului dintre vectori. Cronologia maturizării este de-a lungul vectorului Sprint-2 10-20 de zile. Lungimea vectorilor a fost aleasă în mod arbitrar.
Gruparea de hărți auto-organizată a transcriptomului semințelor. Codul de culoare indică valorile meta pentru fiecare eșantion. (a) Peisaj transcriptomic complet. (b) Transcrieri legate de metabolismul hormonal și de semnalizare. (c) Transcrieri legate de reglarea expresiei genelor.
Dinamica expresiei transcrierilor legate de biosinteza fitohormonilor. (a) Harta de căldură a modificărilor expresiei în diferite comparații. Graficate sunt modificări logFC în comparațiile respective, unde clusterizarea a fost efectuată folosind distanțele euclidiene între probe. (b - d) Exprimarea transcrierilor legate de metabolismul giberelinei (GA). Valorile axelor numerice indică modificările logFC în testele DE respective. (b) Modificări între 10 și 20 de semințe DAP ale Sprint-2. (c) Expresia diferențială între semințele Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6 la 10 DAP. (d) Expresia diferențială între semințele mature Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6.
Dinamica expresiei transcrierilor care codifică regulatorii de transcriere. (a) Harta de căldură a modificărilor expresiei în diferite comparații. Graficate sunt modificări logFC în comparațiile respective, unde clusterizarea a fost efectuată folosind distanțele euclidiene între probe. (b) Harta termică a termenilor MapMan referitoare la reglarea transcripției afectate de expresia diferențială. Coloanele indică petele de supraexpresie AD ale grupului SOM. Graficate sunt numerele de transcrieri adnotate la categoria respectivă. (c - e) Expresia transcrierilor care codifică factorii AFL și metilazele ADN. Valorile axelor numerice indică modificările logFC în testele DE respective. (c) Modificări între 10 și 20 de semințe DAP ale Sprint-2. (d) Expresia diferențială între semințele Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6 la 10 DAP. (e) Expresia diferențială între semințele mature Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6.
Diagramele de împrăștiere din punct de vedere termic ale dinamicii transcripției timpurii până târzii în Sprint-2, Zhewan-1 și Zhongwan-6, unde axa x denotă expresia medie la 10 DAP, iar axa y denotă expresia la o dată ulterioară (20 DAP pentru Sprint-2 și 25 DAP pentru Zhewan-1 și respectiv Zhongwan-6). Transcrierile aparținând termenilor au fost selectate în conformitate cu adnotarea genologică ontologică. Pentru o interpretare vizuală mai bună, diagramele de dispersie „Traducere” și „Perete celular” prezintă numai transcrieri ale căror niveluri de expresie nu depășesc mijloacele indicate; imaginile complete sunt prezentate în Figura S11 .
Reprezentarea variantelor comune și unice în trei soiuri de mazăre. Barele verticale indică numărul variantelor care cad la intersecția respectivă. Barele orizontale indică un număr absolut de variante în soiul menționat sau cu efectul menționat. Categoriile „Înalt”, „Moderat” și „Modificator” se referă la efectele variantei respective în conformitate cu notația snpEff2. Liniile verticale leagă soiurile și efectele variante care denotă intersecțiile variante respective. (a) Intersecția siturilor heterozigote găsite în Sprint-2 cu variante homozigote din Zhewan-1 și Zhongwan-6. (b) Intersecția variantelor heterozigote din toate cele trei soiuri studiate.
Abstract
Morfometria liniei genetice Pisum sativum L. Sprint-2 semințe colectate la 10 și 20 de zile după polenizare (a.p.). (a, b) Sunt afișate păstăile, barele de scară sunt egale cu 10 mm. (c, d) Se arată semințele, barele de scară sunt egale cu 5 mm. Greutatea medie a semințelor (e), unde sunt prezentate lungimile de-a lungul axelor lungi (f) și scurte (g). Datele sunt prezentate ca mijloace ± abaterile standard.
Evaluarea îmbunătățirii conținutului BUSCO în timpul pregătirii asamblării transcriptomului. (a) Statisticile inițiale ale ansamblului Trinity. (b) Un ansamblu filtrat care conține duplicate. (c) Un ansamblu final deduplicat.
Modificări transcriptomice în tranziția de la etapele de pre-maturare a semințelor la etapele de umplere a semințelor în Sprint-2. (a) Un număr total de transcrieri exprimate diferențial la 20 DAP comparativ cu 10 semințe DAP. (b) Parcele vulcanice care demonstrează transcrieri exprimate diferențial în 20 de semințe DAP comparativ cu 10 zile după semințele de polenizare (DAP). Graficată pe axa-x este diferența de mai multe ori între 10 semințe DAP și 20 semințe DAP. Graficat pe axa y este −log10 (valoarea q). Genele ale căror modificări de expresie sunt nesemnificative sunt prezentate în gri sub linia roșie, în timp ce genele semnificative exprimate diferențial (FDR c - e) Vizualizarea termenilor supra-reprezentați între genele exprimate diferențial din aspectele procesului biologic, componentei celulare și, respectiv, funcției moleculare. Primele zece categorii au fost alese pe aspect și aranjate după valoarea q ajustată. Barele sunt clasificate în funcție de numărul de transcrieri din categoria respectivă exprimate diferențial.
Numărul de gene exprimate diferențial (DEG) din toate comparațiile care implică o asamblare combinată. În fiecare pereche, ultima condiție indică predictorul în comparațiile respective. Plotate sunt DEG-uri unice și cele mai notabile intersecții; pentru versiunea completă, vezi Figura S3 .
Expresie diferențială în 10 semințe DAP ale soiurilor de mazăre Zhewan-1 și Zhongwan-6 comparativ cu Sprint-2. (a, b) Graficele vulcanului care demonstrează transcrieri exprimate diferențial în Zhewan-1 și respectiv Zhongwan-6, comparativ cu Sprint-2. Graficată pe axa-x este diferența de mai multe ori între Sprint-2 și cultivarul corespunzător. Graficat pe axa y este −log10 (valoarea q). Genele ale căror modificări de expresie sunt nesemnificative sunt prezentate în gri sub linia roșie, în timp ce genele semnificative exprimate diferențial (FDR c - e) Vizualizarea termenilor supra-reprezentați între genele exprimate diferențial din aspectele procesului biologic, componentei celulare și, respectiv, funcției moleculare. Primele zece categorii au fost alese pe aspect și aranjate după valoarea q ajustată. Barele sunt clasificate în funcție de numărul de transcrieri din categoria respectivă exprimate diferențial.
Expresie diferențială în 20 de semințe DAP ale soiurilor de mazăre Zhewan-1 și Zhongwan-6 comparativ cu Sprint-2. (a, b) Graficele vulcanului care demonstrează transcrieri exprimate diferențial în Zhewan-1 și respectiv Zhongwan-6, comparativ cu Sprint-2. Graficată pe axa-x este diferența de mai multe ori între Sprint-2 și cultivarul corespunzător. Graficat pe axa y este −log10 (valoarea q). Genele ale căror modificări de expresie sunt nesemnificative sunt prezentate în gri sub linia roșie, în timp ce genele semnificative exprimate diferențial (FDR c - e) Vizualizarea termenilor supra-reprezentați între genele exprimate diferențial din aspectele procesului biologic, componentei celulare și, respectiv, funcției moleculare. Primele zece categorii au fost alese pe aspect și aranjate după valoarea q ajustată. Barele sunt clasificate în funcție de numărul de transcrieri din categoria respectivă exprimate diferențial.
Gruparea poissoniană a probelor transcriptomice. Celulele indică profiluri transcriptomice exprimate pentru probele respective ca transcriere la un milion de vectori. Codul de culoare indică măsura de diferențiere bazată pe modelul Poisson al distribuției citite.
Dinamica de maturare discrepantă în Sprint-2 observată la o scară complet transcriptomică. (a) Analiza componentei principale a trei soiuri de mazăre în două momente de timp. Valorile grupate sunt vectori de transcrieri pe milion de valori pentru probele respective. Componentele primare explică procentul varianței observate, după cum urmează: PC1: 60,0%; PC2: 11,9%; PC3: 8,9%; PC4: 5,2%; PC5: 4,2%. (b) Vectorii modificărilor transcriptomice care conectează stările: de la Sprint-2 10 zile la Sprint-2 20 zile (vector verde), de la Sprint-2 10 zile la Zhongwan-6 10 zile (roșu) și Zhewan-1 10 zile), și de la Sprint-2 20 zile la Zhongwan-6 25 zile (roșu) și Zhewan-1 25 zile (galben), sunt afișate. Unghiurile dintre vectori corespund arcosozinului similarității cosinusului dintre vectori. Cronologia maturizării este de-a lungul vectorului Sprint-2 10-20 de zile. Lungimea vectorilor a fost aleasă în mod arbitrar.
Gruparea de hărți auto-organizată a transcriptomului semințelor. Codul de culoare indică valorile meta pentru fiecare eșantion. (a) Peisaj transcriptomic complet. (b) Transcrieri legate de metabolismul hormonal și de semnalizare. (c) Transcrieri legate de reglarea expresiei genelor.
Dinamica expresiei transcrierilor legate de biosinteza fitohormonilor. (a) Harta de căldură a modificărilor expresiei în diferite comparații. Graficate sunt modificări logFC în comparațiile respective, unde clusterizarea a fost efectuată folosind distanțele euclidiene între probe. (b - d) Exprimarea transcrierilor legate de metabolismul giberelinei (GA). Valorile axelor numerice indică modificările logFC în testele DE respective. (b) Modificări între 10 și 20 de semințe DAP ale Sprint-2. (c) Expresia diferențială între semințele Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6 la 10 DAP. (d) Expresia diferențială între semințele mature Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6.
Dinamica expresiei transcrierilor care codifică regulatorii de transcriere. (a) Harta de căldură a modificărilor expresiei în diferite comparații. Graficate sunt modificări logFC în comparațiile respective, unde clusterizarea a fost efectuată folosind distanțele euclidiene între probe. (b) Harta termică a termenilor MapMan referitoare la reglarea transcripției afectate de expresia diferențială. Coloanele indică petele de supraexpresie AD ale grupului SOM. Graficate sunt numerele de transcrieri adnotate la categoria respectivă. (c - e) Expresia transcrierilor care codifică factorii AFL și metilazele ADN. Valorile axelor numerice indică modificările logFC în testele DE respective. (c) Modificări între 10 și 20 de semințe DAP ale Sprint-2. (d) Expresia diferențială între semințele Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6 la 10 DAP. (e) Expresia diferențială între semințele mature Sprint-2 și Zhewan-1/Zhongwan-6.
Diagramele de împrăștiere din punct de vedere termic ale dinamicii transcripției timpurii până târzii în Sprint-2, Zhewan-1 și Zhongwan-6, unde axa x denotă expresia medie la 10 DAP, iar axa y denotă expresia la o dată ulterioară (20 DAP pentru Sprint-2 și 25 DAP pentru Zhewan-1 și respectiv Zhongwan-6). Transcrierile aparținând termenilor au fost selectate în conformitate cu adnotarea genologică ontologică. Pentru o interpretare vizuală mai bună, diagramele de dispersie „Traducere” și „Perete celular” prezintă numai transcrieri ale căror niveluri de expresie nu depășesc mijloacele indicate; imaginile complete sunt prezentate în Figura S11 .
Reprezentarea variantelor comune și unice în trei soiuri de mazăre. Barele verticale indică numărul variantelor care cad la intersecția respectivă. Barele orizontale indică un număr absolut de variante în soiul menționat sau cu efectul menționat. Categoriile „Înalt”, „Moderat” și „Modificator” se referă la efectele variantei respective în conformitate cu notația snpEff2. Liniile verticale leagă soiurile și efectele variante care denotă intersecțiile variante respective. (a) Intersecția siturilor heterozigote găsite în Sprint-2 cu variante homozigote din Zhewan-1 și Zhongwan-6. (b) Intersecția variantelor heterozigote din toate cele trei soiuri studiate.
- Celule Mecanisme de text integral gratuite ale pierderii dependente de vârstă a restricțiilor dietetice Efecte de protecție în
- Celule Fapte grase despre mielină, text integral, o prezentare generală a lipidelor și a metabolismului acizilor grași HTML
- Extensie gratuită de xilozil cu text complet a glicanilor O-glucoză pe domeniul extracelular al NOTCH1
- Profilarea gratuită a celulelor cu metabolizare completă susține rolul cheie al vârfului în randamentul grâului
- Cancer Gratuit text complet Aptamer-Conjugat Superparamagnetic Ferroarabinogalactan Nanoparticule pentru