• Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Record ORCID pentru Ksenia R Safina
  • Pentru corespondență: [email protected]

  • Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Pentru corespondență: [email protected]
  • Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Pentru corespondență: [email protected]
  • Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Pentru corespondență: [email protected]
  • Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Pentru corespondență: [email protected]
  • Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Pentru corespondență: [email protected]
  • Găsiți acest autor pe Google Scholar
  • Găsiți acest autor pe PubMed
  • Căutați acest autor pe acest site
  • Pentru corespondență: [email protected]

Abstract

Pandemia în curs de desfășurare a SARS-CoV-2 prezintă noi provocări și oportunități pentru utilizarea filogeneticii pentru a înțelege și controla răspândirea acesteia. Aici, analizăm apariția SARS-CoV-2 în Rusia în martie și aprilie 2020. Combinând analiza filogeografică cu datele istoriei călătoriilor, estimăm că diversitatea virală eșantionată a provenit din 67 de introduceri strânse în Rusia, mai ales la sfârșitul lunii februarie până în începutul lunii martie. Toate, cu excepția uneia dintre aceste introduceri au provenit din surse non-chineze, sugerând că închiderea frontierei cu China a contribuit la întârzierea stabilirii SARS-CoV-2 în Rusia. Aceste introduceri au dus la cel puțin 9 linii ruse distincte corespunzătoare transmisiei interne. Un grup remarcabil de transmisie corespundea unui focar nosocomial la spitalul Vreden din Sankt Petersburg; analiza filodinamică a acestui cluster dezvăluie introduceri multiple (2-4) fiecare dând naștere unui număr mare de cazuri, cu un număr de reproducere efectiv inițial ridicat de 3,7 (2,5-5,0).

genomică

Declarație de interes concurent

Autorii nu au declarat niciun interes concurent.

Declarație de finanțare

Nu s-a primit nicio finanțare externă.

Declarații de autor

Confirm că s-au respectat toate liniile directoare etice relevante și s-au obținut toate aprobările necesare IRB și/sau ale comitetului de etică.

Detaliile RBI/organismului de supraveghere care a furnizat aprobarea sau scutirea pentru cercetarea descrisă sunt prezentate mai jos:

Studiul a fost prezentat Comitetului local de etică de la Institutul de cercetare a gripei Smorodintsev. Comitetul a concluzionat că studiul nu este acoperit de Standardul Național al Federației Ruse „Bune practici clinice” (GOST R52379-2005) din 25 septembrie 2005, deoarece proiectul nu folosește noi probe biologice și nu aduce înaintare orice date sensibile noi. Prin urmare, conform regulilor comitetului și regulamentelor naționale, acest proiect nu necesită aprobare etică.

S-a obținut tot consimțământul necesar pacientului/participantului și s-au arhivat formularele instituționale corespunzătoare.

Înțeleg că toate studiile clinice și orice alte studii intervenționale prospective trebuie înregistrate la un registru aprobat de ICMJE, cum ar fi ClinicalTrials.gov. Confirm că un astfel de studiu raportat în manuscris a fost înregistrat și este furnizat ID-ul de înregistrare al procesului (notă: dacă se postează un studiu prospectiv înregistrat retrospectiv, vă rugăm să furnizați o declarație în câmpul ID-ul procesului care să explice de ce studiul nu a fost înregistrat în avans).

Am urmat toate liniile directoare adecvate de raportare a cercetărilor și am încărcat listele de verificare relevante ale rapoartelor de cercetare ale rețelei EQUATOR și alte materiale pertinente ca fișiere suplimentare, dacă este cazul.

Disponibilitatea datelor

ID-urile de aderare GISAID ale secvențelor consens SARS-CoV-2 produse în acest studiu sunt furnizate în datele suplimentare 4. Rezultatele secvențierii minION Nanopore de genom întreg au fost depuse în SRA (numere de acces în așteptare; vor fi disponibile prin ID-ul BioProject PRJNA645970).