Istoria publicațiilor

Vizualizări articol
Altmetric
Citații

Vizualizările articolelor sunt suma de descărcări a articolelor cu text integral din luna noiembrie 2008 (atât PDF, cât și HTML) în conformitate cu COUNTER, în toate instituțiile și persoanele. Aceste valori sunt actualizate în mod regulat pentru a reflecta utilizarea din ultimele zile.

Citațiile reprezintă numărul de alte articole care citează acest articol, calculat de Crossref și actualizat zilnic. Găsiți mai multe informații despre numărul de citări Crossref.

Scorul de atenție altmetric este o măsură cantitativă a atenției pe care un articol de cercetare a primit-o online. Dacă faceți clic pe pictograma gogoașă, veți încărca o pagină la altmetric.com cu detalii suplimentare despre scor și prezența pe rețelele sociale pentru articolul dat. Găsiți mai multe informații despre Scorul de atenție altmetric și despre cum este calculat scorul.

calde

Abstract

Metodele computerizate de cartografiere a fragmentelor urmăresc să prezică punctele fierbinți pe suprafețele proteice unde se vor lega fragmente mici. Astfel de metode sunt populare atât pentru evaluarea drogării, cât și pentru proiectarea bazată pe structuri. Cu toate acestea, până în prezent cercetătorii care dezvoltă sau utilizează astfel de instrumente nu au avut o modalitate clară de a evalua performanța acestor metode. Aici, introducem primul set de validare diversificat, de înaltă calitate, pentru cartografierea fragmentelor de calcul. Setul conține 52 de exemple diverse de fragmente care leagă punctele „fierbinți” și „calde” de la Protein Data Bank (PDB). În plus, descriem PLImap, un protocol nou pentru maparea fragmentelor bazat pe câmpul de forță Protein - Ligand Informatics (PLIff). Evaluăm PLImap în raport cu noul set de teste de mapare a fragmentelor și comparăm performanța acestuia cu cea a algoritmilor simpli bazați pe formă și a andocării fragmentelor folosind GOLD. PLImap este pus la dispoziția publicului de pe https://bitbucket.org/AstexUK/pli.

informatii justificative

Informațiile de sprijin sunt disponibile gratuit pe site-ul ACS Publications la DOI: 10.1021/acs.jmedchem.7b00366.

Fișiere structurate pregătite pentru setul de validare, metode detaliate privind construcția setului de validare și protocoale de mapare a fragmentelor, rezultate detaliate și discuții privind performanța diferitelor protocoale de mapare a fragmentelor utilizate, modul de legare și suprafața potențialului electrostatic al 3,5-dimetilizoxazolului, PDB ID-urile complexelor pentru fiecare exemplu din setul de validare care plasează fragmentul în același subpocket de legare (PDF)