Protozoicii joacă roluri importante în fertilitatea solurilor. Prin pășunat pe bacteriile din sol, acestea reglează populațiile bacteriene și le mențin într-o stare de tinerețe fiziologică - adică în faza de creștere activă. Acest lucru îmbunătățește ratele la care bacteriile descompun materie organică moartă. Protozoarii excretă, de asemenea, azot și fosfor, sub formă de amoniu și ortofosfat, ca produse ale metabolismului lor, iar studiile au arătat că prezența protozoarilor în soluri îmbunătățește creșterea plantelor.

ecologică

Protozoarii joacă un rol important în procesele de epurare a apelor uzate, atât în ​​nămol activat, cât și în instalațiile de filtrare cu percolare lentă. În ambele procese, după ce deșeurile solide sunt eliminate din canalizare, lichidul rămas este amestecat cu produsul final de nămol, aerat și oxidat de microorganisme aerobe pentru a consuma deșeurile organice suspendate în fluid. În procesul de nămol activat, ciliații aerobi consumă bacterii aerobe, care s-au floculat (au format agregate libere, făcându-le ușor separate de lichid). În procesul de filtrare prin percolare, substraturile sunt îmbibate în microorganisme, cum ar fi ciuperci, alge și bacterii, care furnizează hrană pentru protozoarele oxidante. În etapele finale ale ambelor procese, solidele se depun din efluentul curățat în rezervorul de decantare. Stațiile de tratare fără ciliate și doar un număr mic de amibe și flagelate produc efluenți tulburi care conțin niveluri ridicate de bacterii și solide suspendate. Efluenți de bună calitate și curați sunt produși în prezența unor comunități mari de protozoare ciliate, deoarece pășunesc vorace pe bacteriile dispersate și deoarece au capacitatea de a flocula particule în suspensie și bacterii.

Protozoarii joacă probabil un rol similar în ecosistemele naturale poluate. Într-adevăr, există dovezi că acestea, hrănindu-se cu bacterii care degradează petrolul, cresc creșterea bacteriilor în același mod în care sporesc ratele de descompunere în soluri, accelerând astfel descompunerea scurgerilor de petrol.

Unii radiolari și foraminiferani adăpostesc alge simbiotice care oferă gazdelor lor protozoare o parte din produsele fotosintezei. Protozoarii reciprocizează oferind adăpost și carbon și fitonutrienți esențiali. Multe ciliate conțin alge endosimbiotice, iar o specie, Mesodinium rubrum, a format o relație atât de reușită cu simbolul său algal pigmentat roșu, încât și-a pierdut capacitatea de a se hrăni și se bazează în totalitate pe simbioză pentru existența sa. Mesodiniul formează adesea flori roșii dense, sau maree roșii, când atinge densități mari în apă. Dintre ciliații cu endosimbioni, Mesodinium este singura specie complet fotosintetică. Alți ciliați realizează fotosinteza în alt mod. Deși nu au alge simbiotice, consumă flagelate asemănătoare plantelor, sechestrează organele care conțin pigmenții plantelor și le folosesc pentru fotosinteză. Aceste organite sunt cunoscute sub numele de plastide. Deoarece plastidele izolate în cele din urmă îmbătrânesc și mor, acestea trebuie înlocuite continuu.

Se poate lua în considerare impactul pășunării protozoarelor asupra fitoplanctonului. S-a estimat că cel puțin jumătate din producția de fitoplancton din apele marine este consumată de protozoari. La fel ca protozoarele solului, acești protozoari planctonici excretă azot și fosfor la rate mari. Protozoarele sunt o componentă fundamentală în reciclarea nutrienților esențiali (azot și fosfor) la fitoplancton.