Editat de Richard D. Kolodner, Universitatea California din San Diego, La Jolla, CA și aprobat la 11 octombrie 2001 (primit pentru revizuire la 11 mai 2001)

semnificația

Figurile articolelor și SI

Cifre

Strategie pentru izolarea subclonelor SW48 cu gena hMSH6 de tip sălbatic sau inactivată. +/+, hMSH6 de tip sălbatic; +/−, heterozigoți pentru mutațiile hMSH6 frameshift; -/-, homozigot pentru mutațiile hMSH6 frameshift.

Spectrul mutațiilor genei hprt în celulele MSH6 (+/+) și MSH6 (-/-). Structura ADNc a genei hprt este prezentată (sunt indicați doar exonii 1 și 9). Exonul 1 începe la perechea de baze 1, iar exonul 9 se termină la perechea de baze 657. Mutațiile sunt reprezentate de următoarele simboluri: ▴, inserarea unui nucleotid; ▾, deleția unui nucleotid; ▿, deleția a două nucleotide; ●, tranziție la perechi de baze C⋅G; ○, tranziție la perechi de baze A⋅T; □, transversie. Numerele indică poziția nucleotidelor mutante. Poziția nucleotidelor mutate în secvențele intronice este indicată ca poziție ADNc - sau + numărul adecvat de nucleotide în introni.

Analiza conținutului de ARNm hMLH1 celular. RT-PCR multiplexat a fost efectuat cu primeri specifici pentru genele hMLH1 și hprt. Liniile celulare LoVo și DLD-1, precum și celulele SW48 tratate timp de 48 de ore cu diferite doze de 5-aza-2'-deoxicitidină (2 μM și 10 μM Aza), au fost utilizate ca martori pozitivi pentru expresia hMLH1. Patru clone hprt - monocelulare obținute din liniile celulare MSH6 (+/+) sau (-/-) au fost analizate pentru expresia hMLH1. Clonele monocelulare 1 și 2 sunt mutanți cu mutații hprt framehift și clonele monocelulare 3 și 4 sunt mutanți cu mutații hprt cu substituție de bază.

Mese

Mutațiile genei hprt detectate în liniile celulare MSH6 (+/+) și MSH6 (-/-)

Poziție * Mutație † Tip de mutație Efect Incidență MSH6 (+/+) MSH6 (-/-)
28−2 a gAT- g gATTranzițieEroare de îmbinare1-
65T T T-T C TTranzițieMissense (Phe → Ser)-1
98A3-A2ȘtergereFrameshift1-
133 A GG- G GGTranzițieMissense (Arg → Gly)-1
146T2-T3InserareFrameshift-1
151 C GA- T GATranzițieProstii (Arg → stop)-4
197T G T-T A TTranzițieMissense (Cys → Tyr)1-
202 C TC- T TCTranzițieMissense (Leu → Phe)1-
207G6 - G7InserareFrameshift197
207G6 - G5ȘtergereFrameshift51
325C CA GT-CGTȘtergereFrameshift-1
385−2 a gAA-ggAATranzițieEroare de îmbinare11
395A T T-A C TTranzițieMissense (Ile → Thr)1-
404G A T-G G TTranzițieMissense (Asp → Gly)1-
419G G C-G T CTransversieMissense (Gly → Val)-1
421A4 - A5InserareFrameshift1-
454 C AG- T AGTranzițieProstii (Gln → stop)14
483A2 - A1ȘtergereFrameshift1-
496A4 - A3ȘtergereFrameshift1-
508 C GA- T GATranzițieProstii (Arg → stop)617
532 + 1CT g t-CT a tTranzițieEroare de îmbinare-1
533−2 a gTT- g gTTTranzițieEroare de îmbinare2-
533−1a g TT-a t TTTransversieEroare de îmbinare11
568 G GA- T GATransversieProstii (Gly → stop)-1
577 C TT- A TTTransversieMissense (Leu → Ile)-1
580 G AC- A ACTranzițieMissense (Asp → Asn)1-
582GA C -GA A TransversieMissense (Asp → Glu)11
610−2 a gCA- g gCATranzițieEroare de îmbinare2-
610−1a g CA a a CA.TranzițieEroare de îmbinare1-
610 C AT- T ATTranzițieMissense (His → Tyr)16
Total5050

↵ * nucleotidele mutate în regiunea de codificare a hprt sunt indicate în raport cu codonul de inițiere ATG. Mutațiile intronului sunt indicate ca poziția ADNc minus (-) sau plus (+) numărul adecvat de nucleotide în introni.

↵ † Majuscule, secvențe de exoni; secvențe minuscule, intron; nucleotide subliniate, mutante.

Tipuri de mutații genetice hprt detectate în liniile celulare MSH6 (+/+) și MSH6 (-/-)