Diferențe în diversitatea beta a comunităților bacteriene prezente în mucusul intestinului distal al somonului Atlantic. Datele din zonele închise elipsei provin dintr-o distribuție normală multivariată. Codurile pentru probele de mucus sunt după cum urmează: grupul de control, CDM; grup alimentat cu florfenicol, FDM; grupul alimentat cu acid oxolinic, ODM.

induse

Diferențe în diversitatea beta a comunităților bacteriene prezente în mucusul intestinului mediu al somonului Atlantic. Datele din zonele închise elipsei provin dintr-o distribuție normală multivariată. Codurile pentru probele de mucus sunt după cum urmează: grupul de control, CMM; grup alimentat cu florfenicol, FMM; grupul alimentat cu acid oxolinic, OMM.

Abundența relativă a taxonilor bacterieni prezenți în mucusul intestinului distal al somonului atlantic. Toate filele bacteriene (a), filele dominante (b) și familiile dominante (c). Coduri de culoare pentru Proteobacterii - Nuanțe de verde, Spirochaetes - Albastru închis, Firmicutes - Galben, Actinobacteria - Orhidee și Tenericutes - Portocaliu închis. Mostrele cu prefixe C provin din grupul de control. În mod similar, cei cu F și O prezintă grupurile hrănite cu acid florfenicol și respectiv oxolinic.

Abundența relativă a taxonilor bacterieni prezenți în mucusul intestinului mediu al somonului atlantic. Toate filele bacteriene (a), filele dominante (b) și familiile dominante (c) din mucusul intestinului mediu al somonului din Atlantic din cele trei grupe de pești. Coduri de culoare pentru Proteobacterii - Nuanțe de verde, Spirochaetes - Albastru închis, Firmicutes - Galben, Actinobacteria - Orhidee și Tenericutes - Portocaliu închis. Mostrele cu prefixe C provin din grupul de control. În mod similar, cei cu F și O prezintă grupurile hrănite cu acid florfenicol și respectiv oxolinic.

Familia bacteriană de bază din mucusul intestinal distal al somonului din Atlantic din cele trei grupe de pești. Coduri de culori: nuanțe de verde - familii de proteobacterii și portocaliu închis - familii de Tenericutes.

Familia bacteriană de bază din mucusul intestinului mijlociu al celor trei grupe de pești. Coduri de culori: nuanțe de verde - familii de proteobacterii, galben - familii de firmicute, violet - familii de actinobacterii și portocaliu închis - familii de tenericute.

Graficele de rețea de asociere ale OTU-urilor semnificative din somonul Atlantic. Rețele bacteriene ale mucusului intestinal distal al peștilor martor (a), hrăniți cu florfenicol (b) și hrăniți cu acid oxolinic (c). Nodurile reprezintă OTU-uri, iar culorile specifice ale modulelor relevă apartenența la OTU-urile semnificativ abundente.

Graficele de rețea de asociere ale OTU-urilor semnificative din somonul Atlantic. Rețelele bacteriene ale mucusului intestinului mediu ale peștilor martor (a), alimentate cu florfenicol (b) și alimentate cu acid oxolinic (c). Nodurile reprezintă OTU-uri, iar culorile specifice ale modulelor relevă apartenența la OTU-urile semnificativ abundente.

Abstract

1. Introducere

2. Materiale și metode

2.1. Declarație de etică

2.2. Pești experimentali, condiții de creștere și dozare cu antibiotice

2.3. Strategia de eșantionare

2.4. Izolarea ADN-ului bacterian, amplificarea PCR, 16S rRNA Gene Amplicon Library Preparation and Sequencing

550 bp). Un kit de cuantificare bibliotecă KAPA (KAPA Biosystems, Boston, MA, SUA) a fost utilizat pentru a cuantifica bibliotecile de ampliconi purificate. Mai târziu, fiecare bibliotecă de ampliconi a fost normalizată la o concentrație echimolară (3 nM), care a fost validată pe TapeStation (Agilent Biosystems, Santa Clara, CA, SUA). Pentru secvențiere, grupul normalizat de bibliotecă de ampliconi a fost diluat în continuare la 12 pM și cu vârf cu control echimolar 10% PhiX. Apoi, secvențierea pereche a fost efectuată folosind kitul de secvențiere 600 ciclu v3 de pe secvențierul Illumina MiSeq (Illumina, San Diego, CA, SUA).