Istoria publicațiilor

Vizualizări articol
Altmetric
Citații

Vizualizările articolelor sunt suma de descărcări a articolelor cu text integral din luna noiembrie 2008 (atât PDF, cât și HTML) în conformitate cu COUNTER, în toate instituțiile și persoanele. Aceste valori sunt actualizate în mod regulat pentru a reflecta utilizarea din ultimele zile.

Citațiile reprezintă numărul de alte articole care citează acest articol, calculat de Crossref și actualizat zilnic. Găsiți mai multe informații despre numărul de citări Crossref.

Scorul de atenție altmetric este o măsură cantitativă a atenției pe care un articol de cercetare a primit-o online. Dacă faceți clic pe pictograma gogoașă, veți încărca o pagină la altmetric.com cu detalii suplimentare despre scor și prezența pe rețelele sociale pentru articolul dat. Găsiți mai multe informații despre Scorul de atenție altmetric și despre cum este calculat scorul.

masă

Abstract

Identificarea proteinelor și peptidelor mici (sub aproximativ 100-150 de aminoacizi) în probe biologice complexe este împiedicată de dominanța proteinelor cu greutate moleculară mai mare. Dimpotrivă, cunoașterea crescândă despre cadrele de citire deschise alternative sau scurte creează necesitatea unor metode care să permită dovedirea existenței produselor genetice corespunzătoare în experimentele de proteomică. Prezentăm o metodologie de precipitare bazată pe acetonitril care epuizează majoritatea proteinelor peste cca. 15 kDa. Parametrii cum ar fi compoziția amestecului de epuizare, pH-ul și temperatura au fost optimizați utilizând un amestec de proteine ​​model, iar metoda a fost evaluată în comparație cu metoda de solubilitate diferențială stabilită. Abordarea a fost aplicată analizei proteomei cu greutate moleculară mică a arheilor Methanosarcina mazei prin intermediul LC - MS. Datele arată în mod clar un efect benefic dintr-o reducere a complexității, în special în ceea ce privește calitatea identificării bazate pe MS/MS a proteinelor mici. Această metodă rapidă, fără detergenți, a permis, cu o manipulare minimă a eșantionului, identificarea cu succes a mai multor peptide codificate cu cadru de lectură deschisă încă neidentificate M. mazei.

informatii justificative

Informațiile de sprijin sunt disponibile gratuit pe site-ul ACS Publications la DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00948.

Figura S1. Efectul creșterii raportului ACN/apă asupra retenției proteinelor din supernatant folosind amestecul de șase proteine ​​și M. mazei proteom. Figura S2. Efectul concentrației TEAB asupra reținerii proteinelor în supernatant. Figura S3. Efectul concentrației de NaCl asupra epuizării proteinelor. Figura S4. Distribuția punctelor izoelectrice ale proteinelor identificate prin LC - MS în M. mazei. Figura S5. Efectul timpului de incubație asupra reținerii proteinelor în supernatant folosind un amestec de șase proteine. Figura S6. Dependența de temperatură a izolării proteinelor cu masă moleculară scăzută efectuată utilizând un amestec de șase proteine. Figura S7. Comparația SEP-urilor identificate în prezentul studiu cu cele identificate într-o analiză anterioară a M. mazei folosind două abordări diferite (2D LC-MS; GelFree LC-MS). Tabelul S1. Numărul mediu de proteine ​​a identificat dimensiuni mai mici și mai mari de 100 de resturi de aminoacizi. Tabelul S2. Detectarea peptidelor BSA cu vârfuri în alicote de 150 μg de M. mazei după extracție (PDF)