Articole originale

  • Articol complet
  • Cifre și date
  • Referințe
  • Suplimentar
  • Citații
  • Valori
  • Reimprimări și permisiuni
  • Obțineți acces /doi/full/10.1080/11263504.2018.1492989?needAccess=true

Salinitatea este una dintre limitările majore de mediu pentru productivitatea agricolă din întreaga lume. Pentru a depăși defectele analizelor de secvențiere a microarray-urilor cauzate de eterogenitate în cadrul studiilor individuale, analiza dimensiunii efectului (ES) bazată pe instrumentul web NetworkAnalyst a fost realizată pentru a sintetiza 13 seturi de date microarray legate de stresul de sare, filtrate din peste 2000 de seturi de date și publicații. Un total de 3811 gene exprimate diferit (DE) au fost identificate cu 1476 gene reglementate în sus și 2335 gene reglementate în jos în probe tratate cu NaCl. Un total de 172 de procese biologice au fost îmbogățite de gene supra-exprimate, cum ar fi „răspunsul la acidul iasmonic”, „reglarea pozitivă a transcripției, modelat de ADN” și „rezistența la insulină”. Construcția rețelei de coexpresie a dat 15.630 de noduri și 73.125 de margini, grupate în continuare în 178 de clustere co-exprimate pe baza metodei algoritmului de cizelare euristică (HCCA). Un total de 1036 gene cu primele 5% din grupuri au fost tratate ca gene hub. Identificarea genelor DE, a relațiilor de co-exprimare genă-genă și a genelor hub poate contribui la descoperirea mecanismelor de toleranță la stres de salinitate în Arabidopsis.

analiza