Abstract

Aceasta este o previzualizare a conținutului abonamentului, conectați-vă pentru a verifica accesul.

Opțiuni de acces

Cumpărați un singur articol

Acces instant la PDF-ul complet al articolului.

Calculul impozitului va fi finalizat în timpul plății.

Abonați-vă la jurnal

Acces online imediat la toate numerele începând cu 2019. Abonamentul se va reînnoi automat anual.

Calculul impozitului va fi finalizat în timpul plății.

măsurători

Aici, stilul schemei ilustrative a microstatelor a fost adoptat din [24], și p microscopic determinat de RMNKîn ceea ce privește cetirizina au fost luate din [25]

Subfigura microscopică a cisteinei pKașa cum a fost reprodus pe baza [19]

Abrevieri

Evaluarea statistică a modelării proteinelor și liganzilor

\ (-> \) constantă de echilibru de disociere a acidului

\ (-> \) constanta de echilibru aparenta a disocierii acidului in prezenta cosolventului

Eroare standard a mediei

Analiza factorului țintă

Cromatografie lichidă - spectrometrie de masă

Spectroscopie prin rezonanță magnetică nucleară

Corelație heteronucleară cu legături multiple

Referințe

Mobley DL, Chodera JD, Isaacs L, Gibb BC (2016) Avansarea modelării predictive prin dezvoltarea focalizată a sistemelor de modele pentru a conduce noi inovații de modelare. UC Irvine: Departamentul de Științe Farmaceutice, UCI. https://escholarship.org/uc/item/7cf8c6cr. Accesat la 16 mai 2018

Resurse de date pentru proiectarea medicamentelor, SAMPL. https://drugdesigndata.org/about/sampl. Accesat la 16 mai 2018

Nicholls A, Mobley DL, Guthrie JP, Chodera JD, Bayly CI, Cooper MD, Pande VS (2008) Prezicerea energiilor libere de solvație cu molecule mici: un test informal nevăzător pentru chimia computațională. J Med Chem 51 (4): 769-779. https://doi.org/10.1021/jm070549+

Guthrie JP (2009) O provocare oarbă pentru energiile libere de solvație de calcul: introducere și prezentare generală. J Phys Chem B 113 (14): 4501-4507

Skillman AG, Geballe MT, Nicholls A (2010) Provocarea SAMPL2: predicția energiilor de solvabilitate și a rapoartelor tautomer. J Comput Aided Mol Des 24 (4): 257-258. https://doi.org/10.1007/s10822-010-9358-0

Geballe MT, Skillman AG, Nicholls A, Guthrie JP, Taylor PJ (2010) Provocarea SAMPL2 de predicție oarbă: introducere și prezentare generală. J Comput Aided Mol Des. 24 (4): 259-279. https://doi.org/10.1007/s10822-010-9350-8

Skillman AG (2012) SAMPL3: predicție orbită a afinităților de legare gazdă - oaspete, energii fără hidratare și inhibitori ai tripsinei. J Comput Aided Mol Des. 26 (5): 473–474. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9580-z

Geballe MT, Guthrie JP (2012) Provocarea SAMPL3 de predicție oarbă: transferul de energie de ansamblu. J Comput Aided Mol Des 26 (5): 489–496. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9568-8

Muddana HS, Varnado CD, Bielawski CW, Urbach AR, Isaacs L, Geballe MT, Gilson MK (2012) Predicție oarbă a afinităților de legare gazdă - oaspete: o nouă provocare SAMPL3. J Comput Aided Mol Des 26 (5): 475-487. https://doi.org/10.1007/s10822-012-9554-1

Guthrie JP (2014) SAMPL4, o provocare oarbă pentru energiile libere de solvație de calcul: compușii considerați. J Comput Aided Mol Des 28 (3): 151-168. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9738-y

Mobley DL, Wymer KL, Lim NM, Guthrie JP (2014) Predicție oarbă a energiilor libere de solvație din provocarea SAMPL4. J Comput Aided Mol Des 28 (3): 135-150. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9718-2

Muddana HS, Fenley AT, Mobley DL, Gilson MK (2014) SAMPL4 host - guest blind prediction challenge: a overview. J Comput Aided Mol Des 28 (4): 305-317. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9735-1

Mobley DL, Liu S, Lim NM, Wymer KL, Perryman AL, Forli S, Deng N, Su J, Branson K, Olson AJ (2014) Predicție oarbă a legării integrazei HIV din provocarea SAMPL4. J Comput Aided Mol Des 28 (4): 327-345. https://doi.org/10.1007/s10822-014-9723-5

Yin J, Henriksen NM, Slochower DR, Shirts MR, Chiu MW, Mobley DL, Gilson MK (2017) Prezentare generală a gazdei SAMPL5 - provocare pentru oaspeți: mergem mai bine? J Comput Aided Mol Des 31 (1): 1-19. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9974-4

Bannan CC, Burley KH, Chiu M, Shirts MR, Gilson MK, Mobley DL (2016) Predicție oarbă de ciclohexan - coeficienți de distribuție a apei din provocarea SAMPL5. J Comput Aided Mol Des 30 (11): 1-18. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9954-8

Bannan CC, Burley KH, Chiu M, Shirts MR, Gilson MK, Mobley DL (2016) Predicție oarbă a coeficienților de distribuție ciclohexan-apă din provocarea SAMPL5. J Comp Mol-Aided Mol Des 30 (11): 927-944. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9954-8

Rustenburg AS, Dancer J, Lin B, Feng JA, Ortwine DF, Mobley DL, Chodera JD (2016) Măsurarea ciclohexanului experimental - coeficienți de distribuție a apei pentru provocarea SAMPL5. J Comp Mol-Aided Mol Des 30 (11): 945-958. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9971-7

Pickard FC, König G, Tofoleanu F, Lee J, Simmonett AC, Shao Y, Ponder JW, Brooks BR (2016) Predicție oarbă a distribuției în provocarea SAMPL5 cu protomer bazat pe QM și corecții pK a. J Comp-Aided Mol Des 30 (11): 1087–1100. https://doi.org/10.1007/s10822-016-9955-7

Bodner GM (1986) Atribuirea pKa-urilor acizilor poliprotici. J Chem Educ 63 (3): 246

Darvey IG (1995) Atribuirea valorilor pKa grupărilor funcționale din aminoacizi. Wiley, New York

Bezençon J, Wittwer MB, Cutting B, Smieško M, Wagner B, Kansy M, Ernst B (2014) Determinarea pKa prin spectroscopie 1H RMN - o metodologie veche revizuită. J Pharm Biomed Anal 93: 147–155. https://doi.org/10.1016/j.jpba.2013.12.014

Elson EL, Edsall JT (1962) Spectrele Raman și constantele de ionizare sulfhidril ale acidului tioglicolic și ale cisteinei. Biochimie 1 (1): 1-7

Elbagerma MA, Edwards HGM, Azimi G, Scowen IJ (2011) Determinarea spectroscopică Raman a constantelor de aciditate ale salicilaldoximei în soluție apoasă. J Raman Spectrosc 42 (3): 505-511. https://doi.org/10.1002/jrs.2716

Rupp M, Korner R, V Tetko I (2011) Prezicerea pKa moleculelor mici. Comb Chem Ecran de înaltă performanță 14 (5): 307-327

Marosi A, Kovács Z, Béni S, Kökösi J, Noszál B (2009) Acid triprotic - microechilibru bazic și sechele farmacocinetice ale cetirizinei. Eur J Pharm Sci 37 (3-4): 321-328. https://doi.org/10.1016/j.ejps.2009.03.001

Sober HA, Company CR (1970) Manual de biochimie: date selectate pentru biologia moleculară. Chemical Rubber Company, Cleveland

Benesch RE, Benesch R (1955) Concentrația acidă a grupării -SH din cisteină și compuși înrudiți. J Am Chem Soc 77 (22): 5877-5881. https://doi.org/10.1021/ja01627a030

Tam KY, Takács-Novák K (2001) Determinarea spectrofotometrică pe lungime de undă a constantelor de disociere a acidului: un studiu de validare. Anal Chim Acta 434 (1): 157–167

Allen RI, Box KJ, Comer JEA, Peake C, Tam KY (1998) Determinarea spectrofotometrică pe lungime de undă a constantelor de disociere a acidului ale medicamentelor ionizabile. J Pharm Biomed Anal 17 (4): 699-712

Comer JEA, Manallack D (2014) Constantele de ionizare și profilurile de ionizare. În: Reedijk J (ed) Modul de referință în chimie, științe moleculare și inginerie chimică. Elsevier, New York. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-409547-2.11233-8

Avdeef A, Box KJ, Comer JEA, Gilges M, Hadley M, Hibbert C, Patterson W, Tam KY (1999) PH-metric logP 11. pK o determinare a medicamentelor insolubile în apă în solvenți organici - amestecuri de apă. J Pharm Biomed Anal 20 (4): 631-641

Cabot JM, Fuguet E, Rosés M, Smejkal P, Breadmore MC (2015) Instrument nou pentru determinarea automată a pKa prin electroforeză capilară standard internă. Anal Chem 87 (12): 6165-6172. https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5b00845

Wan H, Holmén A, Någård M, Lindberg W (2002) screening rapid al valorilor pKa ale produselor farmaceutice prin electroforeză capilară asistată de presiune combinată cu injecție de capăt scurt. J Chromatogr A 979 (1-2): 369-377

Reijenga J, van Hoof A, van Loon A, Teunissen B (2013) Dezvoltarea metodelor pentru determinarea valorilor pKa. Anal Chem Insights 8: ACI.S12304. https://doi.org/10.4137/ACI.S12304

Sterling T, Irwin JJ (2015) ZINC 15 - descoperire ligand pentru toată lumea. J Chem Inf Model 55 (11): 2324–2337. https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5b00559

Baell JB, Holloway GA (2010) Filtre de substructură noi pentru îndepărtarea compușilor de interferență a testului pan (PAINS) din bibliotecile de screening și pentru excluderea lor în bioanalize. J Med Chem 53 (7): 2719-2740. https://doi.org/10.1021/jm901137j

Saubern S, Guha R, Baell JB (2011) Fluxul de lucru KNIME pentru a evalua filtrele PAINS în format SMARTS. Comparația bibliotecilor RDKit și Indigo Cheminformatics. Mol Inf 30 (10): 847-850. https://doi.org/10.1002/minf.201100076

OEChem Toolkit Versiunea 2017. Feb.1;. Software științific OpenEye, Santa Fe, NM. http://www.eyesopen.com

Shelley JC, Cholleti A, Frye LL, Greenwood JR, Timlin MR, Uchimaya M (2007) Epik: un program software pentru pK o predicție și o generație de stare de protonație pentru molecule asemănătoare medicamentelor. J Comp Mol-Aided Mol Des 21 (12): 681-691. https://doi.org/10.1007/s10822-007-9133-z

Schrödinger Release 2016-4: Epic Versiunea 3.8;. Schrödinger, LLC, New York, 2016

OEMolProp Toolkit Versiunea 2017.Feb.1;. Software științific OpenEye, Santa Fe, NM. http://www.eyesopen.com

Wishart DS (2006) DrugBank: o resursă cuprinzătoare pentru descoperirea și explorarea medicamentelor in silico. Acizi nucleici Res 34 (90001): D668 - D672. https://doi.org/10.1093/nar/gkj067

Pence HE, Williams A (2010) ChemSpider: o resursă de informații chimice online. J Chem Educ 87 (11): 1123-1124. https://doi.org/10.1021/ed100697w

NCI Open Database, lansare august 2006. https://cactus.nci.nih.gov/download/nci/. Accesat la 8 august 2017

Browser de baze de date NCI îmbunătățit 2.2. https://cactus.nci.nih.gov/ncidb2.2/. Accesat la 8 august 2017

Kim S, Thiessen PA, Bolton EE, Chen J, Fu G, Gindulyte A, Han L, He J, He S, Shoemaker BA, Wang J, Yu B, Zhang J, Bryant SH (2016) Baze de date privind substanța și compușii PubChem. Acizi nucleici Res 44 (D1): D1202 - D1213. https://doi.org/10.1093/nar/gkv951

NCI/CADD Chemical Identifier Resolver. https://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure. Accesat la 8 august 2017

Bemis GW, Murcko MA (1996) Proprietățile medicamentelor cunoscute. 1. Cadrele moleculare. J Med Chem 39 (15): 2887–2893

OEMedChem Toolkit Versiunea 2017.Feb.1;. Software științific OpenEye, Santa Fe. http://www.eyesopen.com

Manual de utilizare Sirius T3, v1.1. Sirius Analytical Instruments Ltd, East Sussex (2008)

Yasuda M (1959) Constantele de disociere ale unor acizi carboxilici în solvenți apoși amestecați. Bull Chem Soc Japonia 32 (5): 429–432

Shedlovsky T (1962) Comportamentul acizilor carboxilici în solvenți amestecați. În: Pesce B (ed) Electroliti. Pergamon Press, New York, pp. 146–151

Avdeef A, Comer JEA, Thomson SJ (1993) pH-Metric log P. 3. Calibrarea electrodului de sticlă în apă metanolică, aplicată la determinarea pKa a substanțelor insolubile în apă. Anal Chem 65 (1): 42-49. https://doi.org/10.1021/ac00049a010

Takács-Novák K, Box KJ, Avdeef A (1997) Determinarea pKa potențiometrică a compușilor insolubili în apă: studiu de validare în amestecuri metanol/apă. Int J Pharm 151 (2): 235-248. https://doi.org/10.1016/S0378-5173(97)04907-7

Szakacs Z, Beni S, Varga Z, Orfi L, Keri G, Noszal B (2005) Profilarea acidă-bazată a imatinibului (gleevec) și a fragmentelor sale. J Med Chem 48 (1): 249-255. https://doi.org/10.1021/jm049546c

Szakacs Z, Kraszni M, Noszal B (2004) Determinarea parametrilor acidului microscopic - bază din titrări RMN - pH. Anal Bioanal Chem 378 (6): 1428-1448. https://doi.org/10.1007/s00216-003-2390-3

Dozol H, Blum-Held C, Guédat P, Maechling C, Lanners S, Schlewer G, Spiess B (2002) Acid inframolecular - studii de bază ale fosfatilor mio-inozitolici tris și tetrakis, inclusiv motivul 1, 2, 3-trisfosfat. J Mol Struct 643 (1-3): 171-181

OEDepict Toolkit Versiunea 2017. Feb.1;. Software științific OpenEye, Santa Fe. http://www.eyesopen.com

Fraczkiewicz R (2013) In silico prediction of ionization. În: Reedijk J (ed) Modul de referință în chimie, științe moleculare și inginerie chimică. Elsevier, New York. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-409547-2.02610-X

Mulțumiri

Informatia autorului

Afilieri

Programul de calcul și biologie a sistemelor, Institutul Sloan Kettering, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, NY, 10065, SUA

Mehtap Ișık, Ariën S. Rustenburg și John D. Chodera

Program de doctorat tri-instituțional în biologie chimică, Școala absolventă de științe medicale Weill Cornell, Universitatea Cornell, New York, NY, 10065, SUA

Științe farmaceutice, LMR, Merck & Co., Inc., 126 East Lincoln Avenue, Rahway, NJ, 07065, SUA

Dorothy Levorse și Timothy Rhodes

Program postuniversitar în fiziologie, biofizică și biologie a sistemelor, Weill Cornell Medical College, New York, NY, 10065, SUA

Aryon S. Rustenburg

Cercetare și dezvoltare analitică și de proces, Merck & Co., Inc., Rahway, NJ, 07065, SUA

Ikenna E. Ndukwe, Xiao Wang, Mikhail Reibarkh și Gary E. Martin

Cercetare și dezvoltare analitică, LMR, Merck & Co., Inc., LMR, 126 East Lincoln Avenue, Rahway, NJ, 07065, SUA

Heather Wang și Alexey A. Makarov

Departamentul de Științe Farmaceutice și Departamentul de Chimie, Universitatea din California, Irvine, Irvine, CA, 92697, SUA

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Puteți căuta acest autor și în PubMed Google Scholar

Contribuții

Conceptualizare, MI, JDC, TR, ASR, DLM; Metodologie, MI, DL, IES; Software, MI, ASR; Analiză formală, MI; Investigație, MI, DL, IEN, HW, XW, MR; Resurse, TR, DL; Curarea datelor, MI; Scriere-Proiect original, MI, JDC, IES; Scriere - Revizuire și editare, MI, DL, ASR, IEN, HW, XW, MR, GEM, DLM, TR, JDC; Vizualizare, MI, IES; Supraveghere, JDC, TR, DLM, GEM, AAM; Administrarea proiectului, MI; Achiziție de finanțare, JDC, DLM, TR, MI.

Autori corespondenți

Declarații de etică

Conflict de interese

JDC a fost membru al Comitetului consultativ științific pentru Schrödinger, LLC în timpul unei părți a acestui studiu. JDC și DLM sunt membri actuali ai Comitetului consultativ științific al OpenEye Scientific Software. Laboratorul Chodera primește sau a primit finanțare din mai multe surse, inclusiv Institutele Naționale de Sănătate, National Science Foundation, Parker Institute for Cancer Immunotherapy, Relay Therapeutics, Entasis Therapeutics, Silicon Therapeutics, EMD Serono (Merck KGaA), AstraZeneca, Molecular Sciences Software Institute, Starr Cancer Consortium, Cycle for Survival, un premiu Louis V. Gerstner Young Investigator și Institutul Sloan Kettering. O listă completă de finanțare poate fi găsită la http://choderalab.org/funding.

Material suplimentar electronic

Mai jos este linkul către materialul suplimentar electronic.