Structura chimică a (a) MGS și schemele (b) βCD și DMβCD utilizate în acest studiu, unde R reprezintă atomii de hidrogen pentru βCD și grupările metil pentru DMβCD, precum și două orientări ale MGS în interiorul cavității βCD menționate ca forma (c) A și (d) forma C.

Evoluția în timp a distanței dintre centrele de masă ale stratului stratificat lipidic (z = 0) și fiecare margine a (a - c) βCD și (d - f) DMβCD. Distanța dintre grupurile de fosfați ale fiecărui prospect de membrană (dHH) și centrul membranei este reprezentată de o linie verde, în timp ce distanțele jantelor primare și secundare ale βCD-urilor, d (PβCD-POPC) și d (SβCD-POPC), relativ la bistratul lipidic sunt reprezentate de linii negre și, respectiv, gri. Instantaneele MD ale βCD-urilor de-a lungul timpului de simulare sunt, de asemenea, date în prezența schemei de membrană.

Distanța dependentă de timp între centrele de masă ale stratului bistrat lipidic și complexele de incluziune ale formei A: (a - c) A-MGS/βCD și (d - f) A-MGS/DMβCD. Distanța dintre grupurile fosfat ale fiecărui prospect (dHH) este reprezentată de linia verde, în timp ce distanțele MGS, precum și jantele primare și secundare ale βCD, d (PβCD-POPC) și d (SβCD-POPC), în raport cu bistratul lipidic sunt reprezentate de linii magenta, negre și, respectiv, gri. Instantaneele reprezentative ale A-MGS/βCD-urilor în timpul simulării sunt, de asemenea, date în prezența schemei de membrană pentru simplitate.

Distanța dintre centrul bistratului lipidic (z = 0 nm) și complexele de incluziune ale C-MGS ca (a - c) C-MGS/βCD și (d - f) C-MGS/DMβCD. Distanța medie între grupurile de fosfați ale fiecărui prospect cu membrană (dHH), distanța dintre centrul stratului lipidic și COM de MGS (dMGS), marginea primară a βCD (d (PβCD-POPC)) și marginea secundară a βCD (d (SβCD-POPC)) sunt reprezentate prin linii verzi, roz, negre și gri, respectiv.

Numărul de legături H între marginea primară (PCD) sau secundară (SCD) a grupului (a) βCD, (b) DMβCD și a lipidelor (esteri de fosfat și glicerol).

Numărul de legături H în simulări MD triplicate pentru fiecare complex de incluziune a (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD și (d) C-MGS/DMβCD.

Interacțiunile electrostatice (E EEL) și van der Waals (E vdW) pentru (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD și (d) C-MGS/DMβCD.

Profilul de energie liberă și evoluția în timp a numărului de legături H pentru (a) A-MGS/βCD și (b) A-MGS/DMβCD.

Ilustrarea celor cinci modele studiate: (I) A-MGS, (II) C-MGS, (III) βCD, (IV) A-MGS/βCD și (V) C-MGS/βCD. Rețineți că inelul A și C al MGS au fost reprezentate de negru și respectiv de gri, în timp ce βCD-urile (βCD și DMβCD) au servit ca molecule gazdă în acest studiu.

Modele schematice ale fiecărui sistem pentru simulări de eșantionare MD umbrelă: (a) A-MGS liber este setat inițial prin plasarea în faza de apă, în timp ce (b) complexele de incluziune au fost poziționate la grupurile de cap polar din membrana POPC.

Abstract

ciclodextrine

Structura chimică a (a) MGS și schemele (b) βCD și DMβCD utilizate în acest studiu, unde R reprezintă atomii de hidrogen pentru βCD și grupările metil pentru DMβCD, precum și două orientări ale MGS în interiorul cavității βCD menționate ca forma (c) A și (d) forma C.

Evoluția în timp a distanței dintre centrele de masă ale straturii lipidice (z = 0) și fiecare margine a (a - c) βCD și (d - f) DMβCD. Distanța dintre grupurile de fosfați ale fiecărui prospect de membrană (dHH) și centrul membranei este reprezentată de o linie verde, în timp ce distanțele jantelor primare și secundare ale βCD-urilor, d (PβCD-POPC) și d (SβCD-POPC), relativ la bistratul lipidic sunt reprezentate de linii negre și, respectiv, gri. Instantaneele MD ale βCD-urilor de-a lungul timpului de simulare sunt, de asemenea, date în prezența schemei de membrană.

Distanța dependentă de timp între centrele de masă ale stratului bistrat lipidic și complexele de incluziune ale formei A: (a - c) A-MGS/βCD și (d - f) A-MGS/DMβCD. Distanța dintre grupurile fosfat ale fiecărui prospect (dHH) este reprezentată de linia verde, în timp ce distanțele MGS, precum și jantele primare și secundare ale βCD, d (PβCD-POPC) și d (SβCD-POPC), în raport cu bistratul lipidic sunt reprezentate de linii magenta, negre și, respectiv, gri. Instantaneele reprezentative ale A-MGS/βCD-urilor în timpul simulării sunt, de asemenea, date în prezența schemei de membrană pentru simplitate.

Distanța dintre centrul bistratului lipidic (z = 0 nm) și complexele de incluziune ale C-MGS ca (a - c) C-MGS/βCD și (d - f) C-MGS/DMβCD. Distanța medie între grupurile de fosfați ale fiecărui prospect de membrană (dHH), distanța dintre centrul stratului lipidic și COM de MGS (dMGS), marginea primară a βCD (d (PβCD-POPC)) și marginea secundară a βCD (d (SβCD-POPC)) sunt reprezentate de linii verzi, roz, negre și gri, respectiv.

Numărul de legături H între marginea primară (PCD) sau secundară (SCD) a grupului (a) βCD, (b) DMβCD și lipidic (fosfat și esteri glicerolici).

Numărul de legături H în simulări MD triplicate pentru fiecare complex de incluziune a (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD și (d) C-MGS/DMβCD.

Interacțiunile electrostatice (E EEL) și van der Waals (E vdW) pentru (a) A-MGS/βCD, (b) A-MGS/DMβCD, (c) C-MGS/βCD și (d) C-MGS/DMβCD.

Profilul de energie liberă și evoluția în timp a numărului de legături H pentru (a) A-MGS/βCD și (b) A-MGS/DMβCD.

Ilustrarea celor cinci modele studiate: (I) A-MGS, (II) C-MGS, (III) βCD, (IV) A-MGS/βCD și (V) C-MGS/βCD. Rețineți că inelul A și C al MGS au fost reprezentate de negru și respectiv de gri, în timp ce βCD-urile (βCD și DMβCD) au servit ca molecule gazdă în acest studiu.

Modele schematice ale fiecărui sistem pentru simulări de eșantionare MD umbrelă: (a) A-MGS liber este setat inițial prin plasarea în faza de apă, în timp ce (b) complexele de incluziune au fost poziționate la grupurile de cap polar din membrana POPC.