Laboratorul de biologie moleculară și celulară a plantelor

publicații

Institutul Salk pentru Studii Biologice - Publicații

toate publicațiile

Liu, J., Seetharam, AS, Chougule, K., Ou, S., Swentowsky, KW, Gent, JI, Llaca, V., Woodhouse, MR, Manchanda, N., Presting, GG, Kudrna, DA, Alabady, M., Hirsch, CN, Fengler, KA, Ware, D., Michael, TP, Huffford, M.B., Dawe, R.K. Asamblarea fără gol a cromozomilor de porumb utilizând tehnologii de citire lungă. (2020) Biologia genomului. 21 (1): 121. DOI: 10.1186/s13059-020-02029-9

Michael, T.P., VanBuren, R. Construirea genomurilor de plante aproape complete. (2020) Opinia curentă în biologia plantelor. 54: 26-33. DOI: 10.1016/j.pbi.2019.12.009

Poplawski, SG, Garbett, KA, McMahan, RL, Kordasiewicz, HB, Zhao, H., Kennedy, AJ, Goleva, SB, Sanders, TH, Motley, ST, Swayze, EE, Ecker, DJ, Sweatt, JD, Michael, TP, Greer, C.B. O oligonucleotidă antisens duce la transcrierea suprimată a Hdac2 și îmbunătățirea memoriei pe termen lung. (2020) Acizi nucleici Mol Ther. 19: 1399-1412. DOI: 10.1016/j.omtn.2020.01.027

MacKinnon, K.J., Cole, B.J., Yu, C., Coomey, J.H., Hartwick, N.T., Remigereau, MS, Duffy, T., Michael, T.P., Kay, S.A., Hazen, S.P. Modificările temperaturii ambiante sunt indicii predominant în determinarea reglării genelor diurne Brachypodium distachyon. (2020) Fitol nou. DOI: 10.1111/nph.16507

VanBuren, R., Man Wai, C., Wang, X., Pardo, J., Yocca, AE, Wang, H., Chaluvadi, SR, Han, G., Bryant, D., Edger, PP, Messing, J., Sorrells, ME, Mockler, TC, Bennetzen, JL, Michael, TP Stabilitate excepțională a subgenomului și divergență funcțională în tefful de cereale etiopian alotetraploid. (2020) Comunicări despre natură. 11 (1): 884. DOI: 10.1038/s41467-020-14724-z

Acum 1,1 milioane de ani (mya) și că cele două subgenomi au divergut

5.0 mya. În ciuda acestei divergențe, nu detectăm nicio rearanjare structurală pe scară largă, schimburi homoeologe sau pierderi genetice părtinitoare, spre deosebire de multe alte alopoliploide. Cele două subgenomi teff și-au împărțit funcțiile ancestrale pe baza expresiei divergente într-un atlas de expresie divers. Împreună, aceste resurse genomice vor fi utile pentru accelerarea creșterii acestei culturi de cereale subutilizate și pentru informații fundamentale asupra evoluției genomului poliploid.

Silva, S.R., Moraes, A.P., Penha, H.A., Julião, M.H.M., Domingues, D.S., Michael, T.P., Miranda, V.F.O., Varani, A.M. Planta carnivoră terestră aruncă lumină asupra plasticității genomului mediului și a formei de viață. (2019) Revista Internațională de Științe Moleculare. 21 (1). DOI: 10.3390/ijms21010003

Silva, S.R., Pinheiro, D.G., Penha, H.A., Płachno, B.J., Michael, T.P., Meer, E.J., Miranda, V.F.O., Varani, A.M. Variație intraspecifică în speciile morfotipelor bazate pe genomurile cloroplastului. (2019) Revista Internațională de Științe Moleculare. 20 (24). DOI: 10.3390/ijms20246130

Chekan, J.R., McKinnie, S.M.K., Moore, M.L., Poplawski, S.G., Michael, T.P., Moore, B.S. Biosinteza scalabilă a algelor neurochimice, acid kainic. (2019) Chimie Aplicată. 58 (25): 8454-8457. DOI: 10.1002/anie.201902910

Wai, C.M., Weise, S.E., Ozersky, P., Mockler, T.C., Michael, T.P., VanBuren, R. Ora din zi și reprogramarea rețelei în timpul secetei induse de fotosinteza CAM în albumul Sedum. (2019) PLOS Genetica. 15 (6): e1008209. DOI: 10.1371/journal.pgen.1008209

Jupe, F., Rivkin, A.C., Michael, T.P., Zander, M., Motley, S.T., Sandoval, J.P., Slotkin, R.K., Chen, H., Castanon, R., Nery, J.R., Ecker, J.R. Arhitectura complexă și impactul epigenomic al inserțiilor ADN-ului vegetal. (2019) PLOS Genetica. 15 (1): e1007819. DOI: 10.1371/journal.pgen.1007819

Chu, P., Wilson, G.M., Michael, T.P., Vaiciunas, J., Honig, J., Lam, E. Abordare ghidată în secvență pentru genotiparea clonelor și speciilor de plante folosind gene polimorfe legate de NB-ARC. (2018) Biologia moleculară a plantelor. 98 (3): 219-231. DOI: 10.1007/s11103-018-0774-1

Michael, T.P., Jupe, F., Bemm, F., Motley, S.T., Sandoval, J.P., Lanz, C., Loudet, O., Weigel, D., Ecker, J.R. Asamblare genomică Arabidopsis thaliana de contiguitate ridicată cu o singură celulă de flux nanopore. (2018) Comunicări despre natură. 9 (1): 541. DOI: 10.1038/s41467-018-03016-2

Minich, J.J., Morris, M.M., Brown, M., Doane, M., Edwards, MS, Michael, T.P., Dinsdale, E.A. Temperatura ridicată determină disbioza microbiomului de alge, în timp ce dioxidul de carbon ridicat induce perturbarea microbiomului apei. (2018) Plus unu. 13 (2): e0192772. DOI: 10.1371/journal.pone.0192772

VanBuren, R., Wai, C.M., Ou, S., Pardo, J., Bryant, D., Jiang, N., Mockler, T.C., Edger, P., Michael, T.P. Variație extremă de haplotip în clubmoss tolerant la desicare Selaginella lepidophylla. (2018) Comunicări despre natură. 9 (1): 13. DOI: 10.1038/s41467-017-02546-5

VanBuren, R., Wai, C.M., Zhang, Q., Song, X., Edger, P.P., Bryant, D., Michael, T.P., Mockler, T.C., Bartels, D. Mecanismele de desecare a semințelor au optat pentru desicarea vegetativă în iarba de înviere Oropetium thomaeum. (2017) Plantă, celulă și mediu. 40 (10): 2292-2306. DOI: 10.1111/pce.13027

Michael, T.P., Bryant, D., Gutierrez, R., Borisjuk, N., Chu, P., Zhang, H., Xia, J., Zhou, J., Peng, H., El Baidouri, M., Ten Hallers, B., Hastie, AR, Liang, T., Acosta, K., Gilbert, S., McEntee, C., Jackson, SA, Mockler, TC, Zhang, W., Lam, E. Definiție cuprinzătoare a caracteristicilor genomului în Spirodela polyrhiza prin cartografiere fizică de înaltă adâncime și strategii de secvențiere a ADN-ului citite scurt. (2017) Jurnalul plantelor. 89 (3): 617-635. DOI: 10.1111/tpj.13400

Kennedy, AJ, Rahn, EJ, Paulukaitis, BS, Savell, KE, Kordasiewicz, HB, Wang, J., Lewis, JW, Posey, J., Strange, SK, Guzman-Karlsson, MC, Phillips, SE, Decker, K., Motley, ST, Swayze, EE, Ecker, DJ, Michael, TP, Day, J.J., Sweatt, J.D. Tcf4 Reglează plasticitatea sinaptică, metilarea ADN și funcția de memorie. (2016) Rapoarte de celule. 16 (10): 2666-2685. DOI: 10.1016/j.celrep.2016.08.004

VanBuren, R., Bryant, D., Bushakra, J.M., Vining, K.J., Edger, P.P., Rowley, E.R., Priest, H.D., Michael, T.P., Lyons, E., Filichkin, S.A., Dossett, M., Finn, C.E., Bassil, N.V., Mockler, T.C. Genomul zmeurii negre (Rubus occidentalis). (2016) Jurnalul plantelor. 87 (6): 535-47. DOI: 10.1111/tpj.13215

VanBuren, R., Bryant, D., Edger, PP, Tang, H., Burgess, D., Challabathula, D., Spittle, K., Hall, R., Gu, J., Lyons, E., Freeling, M., Bartels, D., Ten Hallers, B., Hastie, A., Michael, TP, Mockler, T.C. Secvențierea cu o singură moleculă a ierbii tolerante la desicare Oropetium thomaeum. (2015) Natură. 527 (7579): 508-11. DOI: 10.1038/nature15714

Michael, T.P., VanBuren, R. Progresul, provocările și viitorul genomurilor culturilor. (2015) Opinia curentă în biologia plantelor. 24: 71-81. DOI: 10.1016/j.pbi.2015.02.002

Michael, T.P. Variația mărimii genomului plantelor: balonare și purjare ADN. (2014) Briefing-uri în genomică funcțională. 13 (4): 308-17. DOI: 10.1093/bfgp/elu005

Ibarra-Laclette, E., Lyons, E., Hernández-Guzmán, G., Pérez-Torres, CA, Carretero-Paulet, L., Chang, TH, Lan, T., Welch, AJ, Juárez, MJ, Simpson, J., Fernández-Cortés, A., Arteaga-Vázquez, M., Góngora-Castillo, E., Acevedo-Hernández, G., Schuster, SC, Himmelbauer, H., Minoche, AE, Xu, S., Lynch, M., Oropeza-Aburto, A., Cervantes-Pérez, SA, de Jesús Ortega-Estrada, M., Cervantes-Luevano, JI, Michael, TP, Mockler, T., Bryant, D., Herrera-Estrella, A., Albert, V.A., Herrera-Estrella, L. Arhitectura și evoluția unui genom de plante minuscul. (2013) Natură. 498 (7452): 94-8. DOI: 10.1038/nature12132

Ming, R., VanBuren, R., Liu, Y., Yang, M., Han, Y., Li, LT, Zhang, Q., Kim, MJ, Schatz, MC, Campbell, M., Li, J ., Bowers, JE, Tang, H., Lyons, E., Ferguson, AA, Narzisi, G., Nelson, DR, Blaby-Haas, CE, Gschwend, AR, Jiao, Y., Der, JP, Zeng, F., Han, J., Min, XJ, Hudson, KA, Singh, R., Grennan, AK, Karpowicz, SJ, Watling, JR, Ito, K., Robinson, SA, Hudson, ME, Yu, Q., Mockler, TC, Carroll, A., Zheng, Y., Sunkar, R., Jia, R., Chen, N., Arro, J., Wai, CM, Wafula, E., Spence, A., Han, Y., Xu, L., Zhang, J., Peery, R., Haus, MJ, Xiong, W., Walsh, JA, Wu, J., Wang, ML, Zhu, YJ, Paull, RE, Britt, AB, Du, C., Downie, SR, Schuler, MA, Michael, TP, Long, SP, Ort, DR, Schopf, JW, Gang, DR, Jiang, N., Yandell, M., dePamphilis, CW, Merchant, SS, Paterson, AH, Buchanan, BB, Li, S., Shen- Miller, J. Genomul lotusului sacru de lungă durată (Nelumbo nucifera Gaertn.). (2013) Biologia genomului. 14 (5): R41. DOI: 10.1186/gb-2013-14-5-r41

Michael, T.P., Alba, R. Genomul roșiilor s-a concretizat. (2012) Biotehnologia naturii. 30 (8): 765-7. DOI: 10.1038/nbt.2319

Filichkin, S.A., Breton, G., Priest, H.D., Dharmawardhana, P., Jaiswal, P., Fox, S.E., Michael, T.P., Chory, J., Kay, S.A., Mockler, T.C. Profilarea globală a transcriptomilor de orez și plop evidențiază căile cheie conservate controlate circadian și modulele de reglementare cis. (2011) Plus unu. 6 (6): e16907. DOI: 10.1371/journal.pone.0016907

Banci, JA, Nishiyama, T., Hasebe, M., Bowman, JL, Gribskov, M., dePamphilis, C., Albert, VA, Aono, N., Aoyama, T., Ambrose, BA, Ashton, NW, Axtell, MJ, Barker, E., Barker, MS, Bennetzen, JL, Bonawitz, ND, Chapple, C., Cheng, C., Correa, LG, Dacre, M., DeBarry, J., Dreyer, I., Elias, M., Engstrom, EM, Estelle, M., Feng, L., Finet, C., Floyd, SK, Frommer, WB, Fujita, T., Gramzow, L., Gutensohn, M., Harholt, J ., Hattori, M., Heyl, A., Hirai, T., Hiwatashi, Y., Ishikawa, M., Iwata, M., Karol, KG, Koehler, B., Kolukisaoglu, U., Kubo, M ., Kurata, T., Lalonde, S., Li, K., Li, Y., Litt, A., Lyons, E., Manning, G., Maruyama, T., Michael, TP, Mikami, K., Miyazaki, S., Morinaga, S., Murata, T., Mueller-Roeber, B., Nelson, DR, Obara, M., Oguri, Y., Olmstead, RG, Onodera, N., Petersen, BL, Pils, B., Prigge, M., Rensing, SA, Riaño-Pachón, DM, Roberts, AW, Sato, Y., Scheller, HV, Schulz, B., Schulz, C., Shakirov, EV, Shibagaki, N., Shinohara, N., Shippen, DE, Sørensen, I., Sotooka, R., Sugimoto, N., Sugita, M., Sumikawa, N., Tanurdzic, M., Theissen, G., Ulvskov, P., Wakazuki, S., Weng, JK, Willats, WW, Wipf, D., Wolf, PG, Yang, L., Zimmer, AD, Zhu, Q., Mitros, T., Hellsten, U ., Loqué, D., Otillar, R., Salamov, A., Schmutz, J., Shapiro, H., Lindquist, E., Lucas, S., Rokhsar, D., Grigoriev, IV Genomul Selaginella identifică modificările genetice asociate cu evoluția plantelor vasculare. (2011) Ştiinţă. 332 (6032): 960-3. DOI: 10.1126/science.1203810

Acum 410 milioane de ani, apoi s-au divizat în mai multe linii din care doar două supraviețuiesc: eufilofitele (ferigi și plante semințe) și licofitele. Raportăm aici secvența genomului licofitului Selaginella moellendorffii (Selaginella), primul genom al plantelor vasculare non-semințe raportat. Prin compararea conținutului de gene în taxoni evolutivi diferiți, am constatat că tranziția de la un gametofit la un ciclu de viață dominat de sporofite necesita mult mai puține gene noi decât tranziția de la o plantă vasculară fără semințe la o plantă cu flori, în timp ce genele metabolice secundare s-au extins pe scară largă și în paralel în liniile licofite și angiosperme. Selaginella diferă în reglarea genelor posttranscripționale, incluzând reglarea mică a ARN a elementelor repetitive, absența unei căi de ARN interferente mici care acționează trans și editarea extensivă a ARN a genelor organelare.