Mecanismele de reglare care stau la baza care induc identitatea tipurilor de celule sau a stărilor fiziologice sunt, în mod normal, descoperite în analize cu secvențierea ARN cu o singură celulă (scRNA-Seq). Un pas critic în acest proces este identificarea regulonilor specifici tipului de celulă (CTS-Rs), fiecare dintre aceștia fiind un grup de gene co-reglementate de același regulator de transcripție într-un anumit tip de celulă, în caracterizarea heterogenității transcriptomice a componentele celulare dintr-un țesut. Intuitiv, aceste CTS-R pot fi identificate prin calcul prin integrarea predicției tipului de celulă, identificarea modulului genetic și analize de motive cis-reglementare.

github

Aici vă propunem IRIS3 (Server de inferență regulon-tip specific celulei integrate de la o singură celulă RNA-Seq) ca primul server web de acest gen pentru inferența CTS-R la om și mouse. Comparativ cu alte pachete existente, IRIS3 prezice reguloni mai exacți din datele scRNA-Seq, printr-o conductă integrată mai eficientă. Este de remarcat faptul că IRIS3 este un server ușor de utilizat și împuternicit prin interpretări și vizualizări cuprinzătoare ale CTS-R-urilor identificate. Aceste CTS-R pot îmbunătăți substanțial elucidarea mecanismelor de reglare eterogene între diferite tipuri de celule și permit construcții fiabile ale rețelelor globale de reglare transcripțională codificate într-un tip de celulă specific.