Transcrierea genetică dependentă de experiență este necesară pentru dezvoltarea și funcționarea sistemului nervos. Cu toate acestea, elementele de reglare a ADN-ului care controlează acest program de expresie genetică nu sunt bine definite. Aici caracterizăm amplificatorii care funcționează pe genom pentru a media transcrierea dependentă de activitate în neuronii corticali de șoarece. Găsim că subsetul de potențatori îmbogățiți pentru monometilarea histonei H3 Lys4 (H3K4me1) și legarea coactivatorului transcripțional CREBBP (numit și CBP) care arată acetilarea crescută a histonei H3 Lys27 (H3K27ac) după depolarizarea cu membrană a funcțiilor neuronilor corticali pentru a regla activitatea -transcriere dependentă. Un subset al acestor amplificatori pare să necesite legarea FOS, despre care anterior se credea că se leagă în primul rând de promotori. Aceste descoperiri sugerează că FOS funcționează la amplificatori pentru a controla programele genetice dependente de activitate, care sunt critice pentru funcționarea sistemului nervos și oferă o resursă de elemente funcționale cis-reglatoare care pot oferi o perspectivă asupra variantelor genetice care contribuie la dezvoltarea creierului și la boli.

proiecte

Integrarea tot mai mare a datelor genomice specifice pacientului în practica și cercetarea clinică ridică preocupări serioase privind confidențialitatea. Au fost propuse diverse sisteme care protejează confidențialitatea prin eliminarea sau criptarea informațiilor de identificare explicite, cum ar fi numele sau numărul de securitate socială, în pseudonime. Deși aceste sisteme pretind că protejează identitatea de a fi dezvăluite, nu au dovezi formale. În această lucrare, studiem eroziunea vieții private atunci când datele genomice, fie pseudonime, fie date despre care se crede că sunt anonime, sunt eliberate într-un mediu medical distribuit. Sunt introduși mai mulți algoritmi, denumiți în mod colectiv RE-Identification of Data In Trails (REIDIT), care leagă datele genomice de indivizi numiți în înregistrările disponibile publicului prin utilizarea unor caracteristici unice în modelele de vizitare a locației pacientului. Sunt dezvoltate dovezi algoritmice de reidentificare și demonstrăm, cu experimente pe date din lumea reală, că susceptibilitatea la reidentificare nu este nici banală, nici rezultatul unor apariții bizare izolate. Propunem că astfel de tehnici pot fi aplicate ca teste de sistem ale capacităților de protecție a confidențialității.

Informațiile genomice devin din ce în ce mai utile pentru studierea originii bolii. Studii recente s-au concentrat pe descoperirea de noi loci genetici și a influenței acestor loci asupra bolii. Cu toate acestea, este la fel de dorit să mergeți în direcția opusă - adică să deduceți genotipul din fenotipul clinic pentru o eficiență crescută a tratamentului. Această lucrare propune o metodologie pentru o astfel de deducție. Metoda noastră construiește un model simplu bazat pe cunoștințe fără a fi nevoie de un expert în domeniu și este utilă în situații care au foarte puține date și/sau nu au date de instruire. Modelul corelează simptomele unei boli cu anumite stări clinice ale bolii. Informațiile clinice sunt prelucrate utilizând modelul, în cazul în care ponderarea adecvată a simptomelor se învață din diagnosticele observate pentru a identifica ulterior starea bolii prezentate în vizitele la spital. Această abordare se aplică oricărei tulburări genetice simple care a definit fenotipuri clinice. Demonstrăm utilizarea metodelor noastre prin deducerea vârstei de debut și a mutațiilor ADN pentru pacienții cu boală Huntington.